该办法对“单项或批量金额较小的存货损失”进行了明确的量化界定：即占企业同类存货10%以下或减少当年应纳税所得增加亏损10%以下或10万元以下。这一界定，解决了对存货报废、毁损和变质损失认定的量化问题，比13号令更具可操作性。
此外，该办法第21条对存货报废、毁损和变质损失的认定证据进行了明确规定：单项或批量金额较小的存货损失，由企业内部有关技术部门出具技术鉴定证明；对单项或批量金额超过上述规定标准的较大存货损失，应取得专业技术鉴定部门的鉴定报告或者具有法定资质中介机构出具的经济鉴定证明。
与应纳税收入有关的担保损失可扣除
该办法第41条，明确规定与本企业应纳税收入有关的担保损 失是可以税前扣除的。
同时，该办法对与本企业应纳税收入有关的担保的含义进行了界定，明确规定：“与本企业应纳税收入有关的担保是指企业对外提供的与本企业投资、融资、材料采购、产品销售等主要生产经营活动密切相关的担保。”因此，企业应该建立严格的担保审批程序，对与本企业应纳税收入无关的担保是不能进行的，否则将会有涉税风险。
明确规定7类股权和债权损失不得税前扣除
该办法第42条，明确规定：下列股权和债权不得确认为在企业所得税前扣除的损失：1.债务人或者担保人有经济偿还能力，不论何种原因，未按期偿还的企业债权；2.违反法律、法规的规定，以各种形式、借口逃废或者悬空的企业债权；3.行政干预逃废或者悬空的企业债权；4.企业未向债务人和担保人追偿的债权；5.企业发生非经营活动的债权；6.国家规定可以从事贷款业务以外的企业因资金直接拆借而发生的损失；7.其他不应当核销的企业债权和股权。
比如，企业之间互相拆借资金造成的损失、非经营活动的债权损失等，是不可以税前扣除的。
上述规定，是该办法新增的内容，作为纳税人必须予以足够重视。该规定增大了企业的涉税风险，企业在生产经营过程中，应该严控此类税务风险的发生。
新增银行卡损失等认定证据的相关规定
该办法结合近年来出现新的经济情况、经济现象，在13号令基础上新增了诸如存款损失、生物资产损失、银行卡损失、助学贷款损失等认定证据的相关规定，填补了原13号令的空白，需要纳税人认真关注：1.该办法第15条新增了关于存款损失的定义与证据范围。
2.该办法的第29条至31条，新增了关于生物性资产损失认定证据的相关规定。
3.该办法第35条，新增金融企业符合坏账条件的银行卡透支款项以及相关的已计入应纳税所得额的其他应收款项的相关证据认定损失的依据。
4.该办法第36条，新增金融企业符合坏账条件的助学贷款的相关证据认定损失的依据。
5.该办法第37条，新增企业符合条件的股权（权益）性投资损失，相关证据认定损失的依据。
6.该办法第40条，新增委托理财条件和证据要求。
