第一，税收征管法的性质问题。税收征管法是一部程序法。笔者曾与部分税务实践人员进行探讨，发现人们对这个问题仍然存在误解。特别是当税收征管法被期待承担部分税收基本法的职能时，不少人对税收征管法的性质存在疑问。疑问在于税收征管法中既有程序法的规定，也有诸如纳税人权利的实体法内容。实际上，对于一部法律来说，不论它是实体法还是程序法，都不会单纯得仅仅规定实体内容或者仅仅规定程序内容。一部实体法包括一些程序内容，或者一部程序法包括一些实体内容，并不影响这部法律本身的性质。比如刑法中规定了不少程序内容，但并没有人会说它是一部程序法。民事诉讼法中规定了不少实体内容，并不影响它作为程序法的性质。因此，尽管税收征管法总则里规定了不少实体内容，但绝不意味着其作为程序法的性质发生了改变。当然，在修改税收征管法的过程中，不必过多地涉及征纳双方的实体性义务，这是必须注意的前提问题。
第二，税收征管法的理念问题。在目前没有税收基本法的局面下，税收征管法是整个税收领域最为基本和重要的一部法律。对于基层税务人员来说，税收征管法是其日常工作的主要依据。也许正因为如此，在修改税收征管法的过程中，人们往往更注重税收征管法的操作性，而忽视其精神指引作用。立法者不能仅仅满足于总结经验和教训，解决实践中的税收问题，而应该注重法律理念和精神的指引作用。
第三，避免部门立法的问题。目前几乎所有的立法都遵循这样的模式——先由行政主管部门起草草案，再向外界征求意见，最后由人大通过。由于专业性强，税收立法往往由行政部门主导。事实上，应该避免税收征管法成为行政部门单纯解决自身问题的法律。这是因为税收征管法涉及的利益方较多，既包括纳税人和税务机关，也包括财政机关、银行等部门。涉及各个部门的问题最好通过各个部门一起讨论解决，这样最终形成的法律才能为各方所遵守。如果立法总是由单个部门主导，可能会制定更多仅利于部门的条款。只有各方的利益都在法律中得到表达，法律在实践中才会获得比较高的遵从度。
第四，关于检查和稽查的关系问题。在目前的税务机关中，税务局和稽查局之间的关系比较特殊，名义上稽查局是税务局的工作部门，但实际上稽查局具有法律上的主体资格。
因此在税收征管法的修改中，如何对待稽查局的法律地位是一个充满争议的问题。是进一步强化其独立的行政主体资格，还是弱化甚至取消其独立地位，都有论者。此外，在实践中对于如何界定检查和稽查也存在比较大的争议。目前一般认为稽查是针对大案要案，检查是针对日常工作。但从实际反映的情况来看，两者难以区分，稽查局变成了“想查谁就查谁”的机关。如果将两者合并，在目前似乎不现实。根据河北省地税局的统计，稽查局每年查的案子只占实际案件的1/17。显然单靠稽查局，目前是查不过来所有案件的。但是如果不合并，就必须想办法将两者清楚地分开，否则两者的职能是混淆的。
第五，关于纳税评估的定位问题。纳税评估程序本意是加强税收管理和征收，但实践中其变成了另一种税务检查。税务检查、税务稽查、纳税评估三者并没有什么显著的区别。如果将纳税评估只作为一个选案的环节，仅进行纳税分析，那么大量案件将被交由稽查局处理，这显然超出了稽查局的能力。如果纳税评估也要包括检查企业账目等内容，那么就难以清楚地界定什么是纳税评估、税务检查、税务稽查。有人提出纳税评估应仅限于约谈阶段，这有待于实践中观察效果。
