此次席卷全球的金融危机，以及由此带来的实体经济下滑，使全球进入了百年一遇的经济危机时期。经济危机是全球经济失衡后果的一次集中暴发。在危机中，我国经济内外失衡的问题也更加得到政府和经济学界的关注，同时也使我们认识到了应对危机的方向———短期应对经济下滑，长期促进经济平衡。解决经济失衡问题需要方方面面的改革，其中一项最重要的内容便是消除现有导致经济失衡的制度性因素。在市场经济中，制度发挥着根本性和长期性的作用。通过制度的改革，可以改变经济主体（政府、企业和居民）的行为，进而改变经济运行的结果。在我国税收领域中，存在着大量导致我国经济失衡的制度性因素，其中分税制财税体制便是其中之一。
我国经济失衡表现在很多方面。比如，拉动经济增长的“三驾马车”——投资、消费和出口结构的失衡。经济结构向重型化倾斜，各地不断上马汽车、钢铁、大型制造业等大型项目，导致重复建设、产业集中度低、资源消耗大、环境污染严重、吸纳就业能力减弱等问题。区域之间、城乡之间的贫富差距不断扩大，反过来制约经济进一步增长。导致上述失衡问题的原因很多，其中现行分税制的不完善是加剧经济失衡的一个重要的制度性因素。现行分税制主要通过以下几个途径加剧了我国的经济失衡。
第一，现行分税制加剧了地方政府的投资热。
这一问题从2003年以来表现得更加突出。2003年～2007年我国实际国内生产总值（GDP）增长速度均在10%以上的高位运行，中央政府多次出台宏观调控政策，以抑制经济过热，其中调控的重点便是抑制地方政府的投资热。但是，政策收效甚微，2007年GDP增速进一步攀升至11.9%。应该看到，地方政府热衷于投资是其作为经济人的理性选择。地方政府官员在其任期内，一般要实现升迁和获得更多财政收入双重目标，而要实现这些目标，必须通过上大项目、扩大投资来增加GDP，并获取更多的增值税和企业所得税的分成收入。
1994年分税制改革后，地方政府的主体税种除营业税外，对财政收入的贡献都有限，地方税收占全国财政收入的比重不足20%，地方政府70%的收入来源于共享税收入，形成了地方各级政府在收入划分上以共享税为主、地方税为辅的分配格局。地方政府热衷于投资大项目，各地纷纷成立汽车、钢铁、大型制造业企业，造成产业集中度低，产业不能做大做强，难以实现经济增长方式的转变和产业结构的优化。
第二，现有分税制加剧了地区间贫富差距。
地区间财政收入的差距是地区间贫富差距的重要衡量标准。从各地的财政收入差距来看，一方面财政收入日益流向经济发达地区，另一方面财政收入日益流向中央和省区市，县乡财政非常困难。这又都与现行的分税制财政体制不完善密切相关。
流转税的重要特点是纳税人和负税人不一致，消费者最终负担税款，而生产销售单位缴纳税款。因此，生产企业所在地的地方政府可以获得更多的税收，而落后地区的居民虽然最终负担税款，但是地方政府却无法获得相应的税收。现有的财政转移支付制度在调节地区间贫富差距方面作用很小，更多地保护了分税制改革前地方政府的既得利益，并通过税收分成和返还的方式调动地方政府发展经济的积极性，从而导致财政收入日益流向经济发达地区。
1994年分税制财政体制改革明确了中央政府和地方政府的财力和财权划分后，省级和市级政府都仿效中央的做法，增加了本级政府的财力，而同时将事权下移，导致县级政府支出缺口越来越大，困难县的数量逐年增加。这与现行分税制对各级政府的事权划分不清和转移支付制度的缺陷有关。以均衡地方财力为目的的一般性转移支付比例过低。经济不发达地区、收入能力弱的县乡得到的转移支付是有限的。
第三，现行分税制加剧了国内需求的不足。
现行分税制具有激励地方政府投资的作用，从而进一步导致了我国内需的不足。一方面，地方政府将更多的财力用于建设性支出，而对于教育、医疗、住房等公共服务的支出则长期不足，从而导致居民自发性保障费用的增长，形成了居民储蓄持续增长，消费在整个GDP中的比例持续减小的局面。另一方面，地区间贫富差距的扩大，导致财富分配状况恶化，财富日益向少数人手中聚集，普通百姓的消费能力进一步减弱。
