(一)强化预算管理和成本控制
第一，预算管理。实行预算管理，可以从源头上保证会计内部控制的落实。加强会计内部控制必须建立财务细预算制度，结合单位的资金能力。分清业务的不同性质，按轻重缓急统筹安排、合理使用各项资金，保障日常工作和业务工作的顺利进行，提高单位的工作效率，推动事业单位整体工作的健康协调发展。加强会计内部控制管理，应实行收支两条线制度，资金集中支付制度等系列改革。实行由专管员、分管领导、项目专家、职工代表共同组成的项目小组评议审核制度，把好会计内部控制的前置关，第二，成本控制。按照事业单位财务制度及其相关法规规定，事业单位大多数支出项目都有明确的开支范围和开支标准。然而，不少单位都没能把支出控制在规定范围之内，超发津贴、补贴、奖金，超支业务招待费等情况比比皆是。有效的成本控制方法是分解费用指标，一是要按照年初公用经费预算，把各项费用分解落实到单位内部的各个部门，形成一套比较完整的内部费用控制指标体系；二是要严格考核，会计上要对各部门费用开支进行单独核算，准确、及时地反映各个部门的实际开支情况；三是要建立奖惩机制，实行节约有奖。超支自负，奖罚分明。
(二)建立完善有效的预算资金使用内部控制制度
主要从以下方面着手：(1)不相容职务相互分离控制。一是确定哪些岗位和职务是不相容的，二是明确规定各个机构和岗位的职责权限，使不相容岗位和职务之间能够相互监督、相互制约，形成有效的制衡机制。按照不相容职务相分离的原则，钱账分离、物账分离，对出纳等岗位的职责进行限制性规定。同时合理设置会计及相关工作岗位，形成相互制衡机制。内部牵制的工作基点就是以任何个人或部门都不能单独控制任何一项或一部分业务权力的方式进行组织上的责任分工，要求每项业务通过正常发挥其他个人或部门的功能来进行交叉检查或交叉控制，以便使各项业务能完整正确地经过规定的处理程序。
(2)授权批准控制。事业单位在建立及完善内部会计控制时必须实施授权批准控制。这就要求事业单位内部明确规定涉及会计及相关工作的授权批准范围、权限、程序、责任等内容，各管理层必须在自己的授权范围内行使权力，避免越权审批和相互推诿，使职责分明、权力对等、有职有责、有责有利。为此，事业单位必须建立授权批准体系，其中包括授权批准的范围、授权批准的层次、授权批准的责任、授权批准的程序。其次，要引入先进管理手段，完善授权批准制度，加强事业单位内部监督。
(3)会计系统控制。会计系统建立的目的就是对单位经营活动进行记录、计算、反映和控制，属于内部控制的组成部分。会计制度中规定的各种会计方法和程序，本身有着控制的功能，这些控制功能的发挥能有效地保证会计信息具有真实、及时和全面的良好质量。目前，大部分单位都实现了会计电算化，在会计系统的处理方面较手工记账时期有了很大区别，因此要根据电算化的特点，建立新的内部控制条例，根据其原则完善新的会计系统。如通过电子数据处理系统录入会计数据时，必须保证只有在识别特殊密码状态下才能进入该系统；修改会计记录必须履行必要的手续，得到适当的授权，并详细记录在案。
(4)加强专项资金管理，提高资金使用绩效。在专项资金方面要建立项，目库，强化项目申报和立项的审核工作，各级财政部门要将经过严格程序审核好的项目纳入项目库管理，做到项目基础资料真实完整，每个项目都切实可行。在项目库的基础上合理确定每个单位或部门项目支出的内容和标准，编制项目支出明细表，按具体项目填列支出总额及各种资金来源，如有跨年度工程还要列示年初年末额，使专项资金的预算能够反映资金的最终用途，从而改变原有的那种“切块预算”做法，增强预算的透明度。实施绩效评价制度，对专项资金进行全程评价，分析研究项目进展情况，及时发现和处理工作中存在的问题，有利于科学合理编制项目预算。
(三)促成事业单位良好内控环境，进一步发挥预算资金使用效率
(1)良好事业单位内控环境的促成。发挥财政与审计部门作用，完善单位内部控制体系。各级财政部门应当成立相应的组织机构，加强对行政事业单位内部控制制度建设的组织与指导，并拨出专项经费，为内部控制制度建设促成一个良好的外部环境的形成。(2)进一步促进资金使用效率；为事业单位预算资金的使用内部控制创造一个良好的内外环境，用以降低“串通舞弊”、“人为错误”、“职能越权”、“制度滞后”等内部会计控制本身的局限性，提高事业单位预算资金的使用效率。良好的控制环境一般包括以下内容：单位负责人对内部会计控制的支持和重视，组织机构健全，职责权限分工明确，职责权限设置合理。控制环境良好能保证资金使用内部控制有效实施，保证预算资金高效使用；发挥事业单位职能，在最大限度发挥资金使用效率的同时，发挥其他延伸职能。
