一、事业单位预算资金使用内部控制存在的问题
(一)内部控制意识薄弱
大部分事业单位对预算资金内部控制的重视程度不够，一些行政事业单位的财务由领导说了算，财务部门只负责日常账务处理，没有真正发挥理财作用，资金管理凭领导个人意图操作，对预算资金内部控制单位领导及财务部门不了解也不重视，认为事业单位的资金主要来源于财政预算安排，有多少钱办多少事，只要按规定编好预算、取得资金和使用资金便可以了，忽视加强对单位财务会计的内部管理。有的单位负责人简单地将财政的部门预算控制等同于内部控制，认为有了部门预算就无所谓内部控制体系了。相当一部分单位缺乏内部控制理念，对内部控制在基础建设方面的作用认识不足，尚未建立起健全有效的内控制度，或者以财经制度甚至是工作经验来代替；即使有内控制度，现存的内控制度在内容方面也有许多不合理的地方，如生搬硬套其他单位的制度，没有考虑本单位的实际情况，所以在实际工作中根本无法实施。因此，对建设中出现的漏洞没有一套可行的制度、程序来堵住漏洞的发生，致使财务管理混乱，极易造成损失，更谈不上什么效益。
(二)财务管理制度不健全
主要表现为：(1)财务管理制度不健全。首先是预算资金编制项月不详细，使用缺乏计划性。年度预算执行不严格，存在着一定的随意性，不能使有限的资金用在刀刃上，以致资金使用超支，影响事业发展。其次是财产管理不严。由于行政事业单位在会计上没有成本核算要求，因此轻视了实物资产管理，如购买低值易耗用品，直接作支出，不记入库存材料账，领用不办理手续，缺乏财产清查制度，使这部分财产无账无实。再次是在财产的购置上，有的单位盲目购买，重复购置，造成浪费；有的事业单位之间相互攀比，通过多种渠道，竞相购买多余办公设备、高档交通工具，造成办公成本高、利用率低等问题。(2)预算资金的使用缺乏计划性。有的事业单位对预算的执行不能做到统筹安排，存在一定的盲目性，没有严格按预算合理安排、使用资金，不能使有限的资金发挥应有效率，导致资金使用超预算的现象时有发生。同时，预算资金收支管理不严格，任意扩大收支范围，对项目资金的使用未能做到专户管理、专款专用，存在一些巧立名目、挤占资金、挪作他用等问题。
(三)会计核算不规范
第一，财务核算处理不规范。事业单位中普遍存在着会计核算不规范，甚至失真现象。如有些单位在处理一些少量预算外收入时，将预算外收入挂在往来账上，以此来掩盖收益；有的单位在年终结账时，不将收入和支出结转“结余”科目，而是将收入和支出相对转，使“结余”科目不能正确和完整地反映核算单位的结余状况；有些单位正常经费与专项拨款不分开进行明细核算，使得单位正常经费和专项拨款来源不清晰，去向不明白，给自己和他人用账带来不便；再如有些行政单位虚列专款严重，造成单位年终结余账户的虚增或虚减。
第二，原始凭证管理不规范。有些单位对原始凭证审核粗糙，如原始凭证规定的内容填写不全，发票内容笼统，有些发票上盖的是售货单位公章，而不是财务章，甚至有的没有售货单位章。报账手续不严密，购买实物的凭证只有领导签批，没有验收人签字，领导签字过于随意。有些单位自制原始凭证，格式和内容都不符合会计核算规范。在票据管理方面，有些单位在票据认购、票据领用、票据核销上存在监督的漏洞，给不法分子造成可乘之机，给国家资产造成不应有的损失。
