(一)完善配套法规建设作为政府部门和市场部门之外的法律法规，有关行政事业单位的立法层次太低，仅有一些行政法规和政策文件难以支撑起一个法律体系。应建立与宪法中关于与公民结社原则相衔接的结社法律、捐赠法律、规范非营利事业和非营利机构的单行法，全面规范事业单位的性质、法律地位、管理体制、运行机制等，将各类事业单位及其相关事业纳入法制化的轨道。建立与事业单位法律相衔接的实施细则和单行法规。同时要在立法工作中，注重事业单位相关法律法规的配套，形成较为健全的法律体系。
(二)适当分离会计与税法在税法升格为基本法律之后，财政部门制定的会计法规等部门规章在层级效力上就应当遵从税法规定，这样确保税收法规决定会计制度的格局能够顺畅运行。税收法规与会计制度的制定工作应当吸收会计、法律、财税方面的专家共同参与，以便更好地实现会计制度与税收法规的同一化。会计制度在遵循会计一般原则的前提下，应减少其与税法的差异和纳税调整事项。但因两者目标差异的存在，不可能做到完全同步。因此，财务会计与税务会计应分离，由财务会计负责企业基本信息质量，保持其基本规范，而税务会计承担纳税调整事项，由企业按照会计制度的规定进行核算，在计算缴纳所得税时再按税法规定进行纳税调整。同时税务会计准则的内容按照税法规定进行优化，确立税务会计准则在会计制度体系的优先地位。
(三)完善单位自身制度建设一是规范税收管理问题，必须按照规定办理税务登记，涉税收入使用税务发票，接受税务管理，二是解决事业单位的账目管理和银行账户开设问题，从根本上解决事业单位的税收征管难题。为此建议统一事业单位票证管理。实践证明，凡是票证制度控制好的税种或地方，其纳税情况也较好，票证使用混乱的领域，税收管理一般比较松弛。事业单位税收征管难度较大的一个十分重要的因素就是票证不统一，财政收据、自制收据、税务发票混用。为控制纳税人的活动，长期以来，我国已经建立了比较完善的发票制度，对发票的式样、印制、领购、缴销、开具、使用、责任等方面实施严格的管理，其发票的种类、使用范围、面值、面额、形式等方面已经形成一整套体系，并随情况的变化而不断地完善，所有这些都是为了实现对纳税人活动进行控管而进行的。建立事业单位的专用票证体系和专用票证制度，可以达到对事业单位活动进行有效税务控管的目的。
(四)建立内部和外部监督体系行政事业单位在涉税业务处理上除会计部门自身严格把关外，还应加强内部审计工作，对凭证、账簿、报表等实行定期审计，将不符合规定的财务予以内部遏制。同时通过外部审计监督体系，处理违规活动，提高执业水平，以利于税款的缴纳入库和单位自身的健康发展。
