对于与企业约谈后不能排除的疑点问题以及自查补申报的情况，需要进一步实地核查验证。
1.进项申报与实物资产存在差异：结合成本与进项不配比疑点，抽调库房记录进行审核，没有发现发货未作销售的现象，但在对成本结转审核中发现，年末已经取得厂家让利的576.84万元，因企业未收到相关凭证，所以账面只是增加利润，未冲减进项980633.25元，该公司通过约谈已自查补申报945703.33元，尚有34929.92元的进项税金未转出。
2.利润总额与收入增长不配比。
（1）营业费用较上年增幅达37.61%，而同期销售收入的增幅仅为14.24%，增长严重不配比，核实后发现：该公司营业费用主要归集物流部门的费用，当年企业职工工资上涨、市场仓储和物流价格提高，并且未实现销售商品库存出现大幅增加，从而导致增长严重不配比，与企业解释基本一致，同时发现企业有向消费者发放赠品未计提销项税1434.24元。
（2）当年企业的销售利润率下降11.93%，原因主要为，当年一方面供货商（厂家）产品成本上升，另一方面企业当年扣点降低。如从抽取的某企业代理协议书中A型系列商品看，上年最高代理奖励标准为4%，当年最高代理奖励标准为3%，导致企业销售毛利率下降。
（3）主营业务税金及附加、营业外收入、营业外支出三项指标增长异常，通过核实主要为偶发因素，主营业务税金及附加增加，为税务稽查对以前年度查补，进项转出直接记入“主营业务税金及附加”；营业外收入增加，为个别厂家对企业购货尾款豁免，企业已进项转出；营业外支出，为企业财产损失，进项税11684.57元未转出。
针对核查结果，企业表示认可、愿意补报。
评估处理
根据增值税相关政策规定，通过约谈和实地核查确认，税务机关作出如下评估处理：企业补报增值税993752.06元，同时与地税部门交换了信息。补税后，该公司当年增值税税负提高到1.11%，在行业平均线以上。
