根据案情进展情况，洛阳市国税局稽查局决定对问题较为突出的洛阳某商贸有限公司立案检查。
经查，洛阳某商贸有限公司为零售业一般纳税人，主要经营范围为焦炭、建材。稽查人员首先对该公司2004年8月~2007年12月的账簿、凭证及有关纳税资料进行了检查，发现其经营的都是煤炭，主要销售给洛阳某热电厂，2004年~2006年度很少有购进发票。但2007年1月、8月、9月和11月却突然取得了4份上海海关进口增值税专用缴款书及4份进口关税专用缴款书，货物金额7920353.97元，增值税额1029646.03元，而这4份进口增值税专用发票正是初步比对有疑问的发票。
稽查人员又对该公司进行了实地调查，发现其实际上是皮包公司。稽查人员及时对该公司的法人和会计进行了询问，其法人王某称这几份进口发票所涉及的业务都是一个叫李某的业务员经手的，又都是现金结算，而李某早在2007年底就辞职不干，不明下落了。稽查人员决定前往上海海关调取有关证据材料。
经查，该公司2007年1月、8月、9月和11月从越南购进货物原煤，取得4份南汇海关的进口增值税专用缴款书及4份进口关税专用缴款书，票面注明增值税额分别为258849.56元、239292.04元、2503097.35元和278407.08元，注明货物金额分别为1991150.44元、1840707.96元、1946902.65元和2141592.92元。该公司据此申报抵扣增值税进项税额合计1029646.03元。以上货物销售后，相关的销售成本已在所得税前扣除，合计金额7920353.97元（其中关税合计377159.72元）。经上海海关核实，以上8份专用缴款书非该海关签发，属于伪造。
由于案情重大，洛阳市国税局稽查局除决定对该公司作出补缴税款合计4007854.44元（其中增值税1029646.03元、企业所得税2978208.41元）外，依法移交公安机关立案查处。
根据第一批协查经验，洛阳市国税局稽查局决定对其余的865份海关完税证向全国17个海关发出协查需求。截至目前，大部分协查函已回复，已查实部分企业非法抵扣增值税1800万元，涉案发票181份，已查补税款1050万元。其余涉案企业正在进一步核查中。
