对上述国家出台的鼓励政策，许多新办软件企业觉得有盼头，希望充分利用国家的税收政策扶持达到企业的快速发展的目的。但因为许多企业对政策运用不够灵活，导致了有税收优惠而无法享受的情况发生。
案例
吉祥有限公司是2008年5月1日新办的企业，主营范围为计算机硬软件的开发、生产、销售，其自主研发的多彩图像采集控制软件，同时获得当地信息产业厅软件产品登记证。
并于2008年进入获利年度，企业应纳税所得额为20万元，当年按正常的25%税率缴纳了企业所得税。公司2009年~2013年弥补以前年度亏损前的应纳税所得额为－300万元、－200万元、－100万元、0万元和600万元。2011年1月（2010年上报资料的认定），企业被批准成为软件企业（同年因企业符合《高新技术企业认定管理办法》（国科发火〔2008〕172号）文件的规定，经企业申请被国家有关部门评为高新技术行业。同时根据《中华人民共和国企业所得税法》第二十八条规定：“国家需要重点扶持的高新技术企业，减按15%的税率征收企业所得税。”企业适用15%的税率，公司预计2014年~2018年的应纳税所得额为3000万元/年。折现率为10%。
吉祥公司的纳税情况分析如下：
2008年，吉祥公司是新办企业，但无税收优惠，公司应纳企业所得税为5万元。
2009年度企业应纳税所得额为－300万元，企业所得税为0万元。
2010年度企业被同时认定为软件企业和高新技术企业。
据《关于企业所得税若干优惠政策的通知》第一条第二款规定，吉祥公司的获利年度为2008年，2008年进入了两免三减半的时期，2008年与2009年为两免时期，2010年～2012年为减半年度。
据《中华人民共和国企业所得税法》的相关规定，享受高新技术企业优惠的企业所得税税率为15%。吉祥公司2011年～2018年适用企业所得税税率为15%。
2010年度企业应纳税所得额为－200万元，企业所得税为0万元。
2011年度企业应纳税所得额为－100万元，企业所得税为0万元。
2012年度企业应纳税所得额为0万元，企业所得税为0万元。
2013年度企业应纳税所得额为0万元，企业所得税为0万元。
2014年~2018年度每年企业应纳税所得额为3000万元，企业所得税为450万元。
吉祥公司2008年~2018年企业所得税流出的现值（基准点2008年1月1日）为967万元。
综上所述，吉祥公司自2008年~2012年应该享受两免三减半期间未享受一分钱的税收优惠。
产生上述情况的原因如下，先要准确把握三个基本的概念：开始获利年度是企业开始生产经营后的第一个有应纳税所得额的年度；享受减免税起始时间应从企业开始生产经营后第一个有应纳税所得额的年度起，享受相关企业所得税减免优惠政策；资质认定时间是企业由认定机构颁发资质证书后，认定机构据以确认资质的上报资料所属年度确认。
由于软件企业的认定有较严格的条件限制，一般的软件企业不可能在成立之时就申请到软件企业的资格，而未进行纳税筹划的企业往往在资质认定时间之前已进入开始获利年度且开始计算减免税起始时间，但企业因未认定资质却不能享受税收优惠。企业实际上享受优惠的时间仅为进行获利年度后的5年，扣除获利年度到资质认定前的年度内的范围内。这样未经过筹划的软件企业享受的两免三减半的税收优惠是不完全的。
