人工费用范围有大有小
企业在进行财务核算时对研发费用的账务处理主要依据《财政部关于企业加强研发费用财务管理的若干意见》（财企〔2007〕194号）。根据该文件的规定，“企业在职研发人员的工资、奖金、津贴、补贴、社会保险费、住房公积金等人工费用以及外聘研发人员的劳务费用”可列入“研发费用”科目。
税务师事务所为企业申办高新技术企业认定进行研发费用专项审计时，主要依据《科技部、财政部、国家税务总局关于印发〈高新技术企业认定管理工作指引〉的通知》（国科发火[2008]362号）。根据规定，研发费用中的人工费用主要指“从事研究开发活动人员（也称研发人员）全年工资薪金，包括基本工资、奖金、津贴、补贴、年终加薪、加班工资以及与其任职或者受雇有关的其他支出”。
税务师事务所为企业进行所所得税汇算清缴时，涉及研发费用的账务处理主要依据《企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）》（国税发[2008]116号）。根据规定，研发费用中的人工费用指“在职直接从事研发活动人员的工资、薪金、奖金、津贴、补贴”。
比较上述文件规定可以看出，高新审计的研发费用更接近企业财务核算中研发费用的内容，而企业所得税汇算对研发费用加计扣除的规定范围比前者小。
直接投入费用内容有多有少
三类研发费用都包括直接投入费用一项。在对直接投入费用的政策规定中，财务核算与所得税加计扣除审计内容基本一致，而高新审计的范围要比前者大。
财务核算中研发费用涉及的直接投入费用主要包括直接消耗的材料、燃料、动力费用；所得税汇算清缴中研发费用涉及的直接投入费用包括从事研发活动直接消耗的材料、燃料和动力费用。这二者的内容基本相同。而高新审计中研发费用涉及的直接投入费用范围要比前两者的范围大得多，主要包括企业为实施研究开发项目而购买的原材料等相关支出。比如，有水和燃料（包括煤气和电）使用费，用于中间试验和产品试制达不到固定资产标准的模具、样品、样机及一般测试手段购置费、试制产品的检验费，用于研究开发活动的仪器设备的简单维护费以经营租赁方式租入的固定资产发生的租赁费等。
其他直接费用规定有详有略
在三类研发费用中，涉及其他直接费用的规定也有详有略。财务核算和所得税汇算清缴对研发费用的规定很详细，而高新专项审计对此规定有比例限定。
在财务核算中，研发费用涉及的其他直接费用主要包括，与研发活动直接相关的技术图书资料费、资料翻译费、会议费、差旅费、办公费、外事费、研发人员培训费、培养费、专家咨询费、高新科技研发保险费用等。
而在所得税汇算清缴中，可以加计扣除的研究开发费用并不包括会议费、差旅费、办公费、外事费、研发人员培训费、培养费、专家咨询费、高新科技研发保险费用等费用。企业在计算应纳税所得额时，对于这些财务会计规定与税收法律、行政法规的规定不一致的，应当依照税收法律、法规的规定进行调整。
《高新技术企业认定管理工作指引》在对研发费用的规定中，明确对其他直接费用的扣除金额不得高于研发总费用的10%。税务师事务所在专项审计时，要注意这一比例的限制。
折旧费、长摊费是否扣除有差异
三类研发费用都涉及折旧费用和长期待摊费用，但对这两种费用是否列入研发费用进行扣除的规定有区别。
在财务核算中，研发费用的扣除范围不仅包括机器设备的折旧费，还包括房屋的折旧费；所得税汇算清缴涉及研发费用的加计扣除时则只包含机器设备的折旧费；高新审计中关于折旧费的规定与财务核算中的相关规定基本相同，但还增加了长期待摊费用的摊销费。
通过以上几方面的差异对比，笔者认为中介机构在执业过程中要严格划分研发费用的扣除范围。一方面降低自身的执业风险，出具真实合法的审计报告；另一方面也使被审计单位能够有效享受到税收优惠政策，降低所得税支出。同时，也利于国家各级税务管理部门对税收优惠政策实施的管理与调控，加强应税收入的征收管理。
