A企业将架空层和地下建筑改建成车库，架空层1000平方米全部用于出租；地下车库中800平方米销售给业主，销售收入为800万元，200平方米用于出租。
根据国家税务总局《《关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）的规定，属于多个房地产项目共同的成本费用，应按清算项目可售建筑面积占多个项目可售总建筑面积的比例或其他合理的方法，计算确定清算项目的扣除金额。因而，土地增值税中可售建筑面积同样是成本分摊的标准之一。根据相同的理由，架空层及地下车库相对应的成本800万元同样应并入已销售的有产权证建筑面积的成本，即作为可售建筑面积成本的一部分作为土地增值税的扣除项目，而不是待销售时，按旧房的清算程序申报土地增值税。
根据《城市房地产管理法（修订版）》的规定，无产权证建筑物属于不可转让的房地产。但不可转让的房地产能够产生较大的收益，并且一些无产权证建筑物在测绘报告中亦有明确的标识，成本的归集和分摊并不存在难题，因而无产权证建筑物成了税企双方时有争议的对象。
架空层和非人防地下车库所有权的归属并不相同。
根据《物权法》第七十三条的规定，建筑区划内的其他公共场所、公用设施和物业服务用房，属于业主共有。因而，架空层作为地上建筑物，其产权应属于业主共有。
根据《物权法》第七十四条的规定，建筑区划内，规划用于停放汽车的车位、车库的归属，由当事人通过出售、附赠或者出租等方式约定。因而，即使是《物权法》亦未约定非人防地下车库所有权的归属，非人防地下车库所有权归属不明。
根据国税发〔2006〕187号文件的规定，房地产开发企业开发建造的与清算项目配套的居委会和派出所用房、会所、停车场（库）、物业管理场所、变电站、热力站、水厂、文体场馆、学校、幼儿园、托儿所、医院、邮电通信等公共设施，按以下原则处理：建成后产权属于全体业主所有的，其成本、费用可以扣除。由于架空层的产权属于业主共有，因而架空层成本666.67万元〔（5000+3000）÷（11000+1000）×1000〕可以作为土地增值税的扣除项目，不存在异议。
非人防地下车库所有权的归属不明，加上土地增值税中对成本的分摊标准和方法并没有类似于《关于房地产开发业务征收企业所得税问题的通知》（国税发〔2006〕31号）中“可售面积单位工程成本、已销开发产品的计税成本”公式性的明确规定，而是提供了可售建筑面积、占地面积、建筑面积等几种可供选择的方法，从而使非人防地下车库的成本扣除变得复杂。
