(一)审计科研经费管理制度的建立情况
加强科研经费管理，制度要先行。学校是否根据国家有关规定，结合实际情况建立一套科学、可操作性强、行之有效的科研经费财务管理办法和制度，不断完善学校的科研经费管理制度；是否特别针对当前横向科研经费使用和管理中存在的一些问题，建立和完善学校横向科研经费的管理办法，切实加强横向科研经费的管理；是否建立健全科研经费管理责任制，明确学校科研、财务及项目负责人在科研经费使用与管理中的职责和权限；是否建立和完善全额成本核算制度，明确项目管理费、人员经费、业务费支出的合理水平。内控制度的执行情况及效果如何，通过完善科研经费管理制度，做到既要方便科学研究工作，又要严肃财经纪律的原则，完善财务报销手续，确定科研经费使用范围，正确使用会计科目和会计核算方法，保证科研工作的顺利进行。
(二)审计科研经费的预算及其使用情况
一是科研经费预算的管理。强化科研经费的预算管理，既有利于保证科研活动按计划有序开展，也有利于严格控制科研经费的开支范围和标准，加强财务预算的约束力度。二是科研经费收入的管理。高校取得的各类科研经费，不论其资金来源渠道，均为学校的收入。因此应重点审查各类科研经费的收入是否全部纳入学校财务部门统一管理，集中核算，是否存在科研收入脱离学校监管形成体外循环的现象；是否针对不同来源渠道，不同性质的科研项目单独按项目管理进行会计核算，专款专用。三是科研经费使用情况的管理。审查各项开支是否根据科研项目管理办法或项目合同的要求据实列支，审查科研经费的开支范围和标准是否严格控制，科研项目的成本核算是否完整、真实、全面，对投入的应由科研项目承担相关费用是否按照科学合理的比例分摊计入科研项目成本进行核算；审查对科研项目负责人使用科研经费的监督是否有效，是否存在挪用科研经费现象，账目是否清楚，确保科研项目资金安全并合理使用。
(三)审计科研经费使用的效益性
科研经费的使用效益如何既是资金提供者所关注的重点，也是衡量科研工作成效的一个重要标志。目前，部分科研项目由于不注重管理，效益性监督不够，使得项目效益低下，甚至无效益而造成损失浪费。因此，必须加强效益审计，对学校科研经费使用情况及其经济活动的效益性进行检查和评价，确定其经济性、效率性和效果性。重点审查科研项目立项的科学性、适用性和合理性，科研项目在立项是否经过认真调查，充分论证和科学评估，结题项目是否按有关规定及时办理科研项目结题及结账手续，科研成果是否达到预期目标，是否及时转化，取得社会效益和经济效益如何。可将科研成果转化为生产力实现的价值与科研经费投入的价值以及科研项目的预期研究价值相比较，以确定其经济效益，做出审计结论，并提出审计建议，从而促进学校科研经费使用效益的提高。
(四)审计固定资产与无形资产的管理
凡使用科研经费购置的固定资产均属于学校的固定资产。要审查进行科研项目活动中所购置固定资产是否纳入学校资产统一管理，专人负责。科研项目结束时是否及时收回仪器设备，统一管理调配使用，是否存在固定资产重复购置，长期闲置不用，使用效果差等变相浪费科研经费行为；对科研经费的使用是否进行追踪管理，尤其是对那些需要把大笔经费汇向境外购置研究设备的开支，防止国有资产的流失，促进国有资产的保值和增值；科研部门是否对科研项目形成的无形资产及时提供鉴定证明材料和相关的认证材料，财务部门是否及时将无形资产纳入学校统一核算。
(五)科研经济合同管理的加强
为贯彻科学技术必须面向经济建设的战略方针，高校鼓励教学科研人员积极发挥资源优势，从事科技开发等横向科学研究工作。科研合同是高校和资金提供方权利义务的法律约定，为维护学校合法权益，促进学校科研事业的发展，规范合同的签订成为审计工作的一项重要内容。应审查利用科研经费支付外单位的科研协作费、设备费、加工费等是否签订合同，开展科技开发、技术合作及成果转让等科技活动是否签订合同，是否建立科研合同的审查制度和授权签字制度。审计应对合同的起草、签订、执行过程和结果的合法性、合理性、效益性进行审查和评价。
