一、高校科研经费管理现状
(一)科研经费来源的多元化造成了管理与核算的复杂性
高校科研经费的来源渠道主要有三方面：一是教育主管部门及各行业主管部门下拨的纵向科研经费，各主管部门都制定了科研经费的专门管理办法；二是学校与社会其他部门及企业进行科研合作、科技咨询或科研成果转让所获得的横向科研经费，由于项目合作的内容不同，对经费的核算也有不同的要求；三是高校自筹的配套科研经费。由于科研经费来源渠道的多元化，而科研经费的提供部门对经费的使用要求没有一个统一明确的规定，各类科研项目有不同的使用要求，这就带来了科研经费管理及核算的特殊性和复杂性，科研经费管理必须按资金来源及科研项目独立设账，分项管理，内容的日益复杂加大了经费管理及监督的难度。
(二)科研经费的财务管理制度有待完善与落实
“课题制”科研经费管理模式目前在高校普遍推行，项目负责人负责对课题的立项、组织经费使用、项目验收及项目所形成的资产和成果进行全程管理。由于有的高校对科研工作的管理较关注通过上项目来争取经费，而对科研经费的使用情况及效益性没有给予足够的重视；有的是财务管理制度不健全；有的是对已有的财务管理制度执行不严格，或缺乏规范有效的监督手段，从而致使学校在科研经费管理方面出现了问题，不同程度地影响了科研工作的开展和科研效益的提高。一些高校为了鼓励教职工参加科研的积极性，在科研经费的管理政策上一般都比较宽松，针对报销制度的缺陷，有些科研人员没有合理使用有限的科研经费，甚至将其用于个人及家庭开支的单据以科研经费的名义报账。因此相关部门也出台了不少制度加以完善，以堵漏洞，如收支两条线制度，科研经费使用制度，但财务报销制度却不严，甚至“潜规则”大为盛行。从近年来审计、检查的情况看，在高校科研经费管理和使用的过程中，利用科研经费洗钱、虚列转拨或支出以套取科研经费的违纪违规现象时有发生，损失浪费、支出不合理，管理费和人员经费支出比重过大现象比较严重。
(三)科研经费的财务管理与审计监督职能的作用未充分发挥
近年来，许多高校为了加强对科研经费的管理，提高科研经费的使用效益，采用了“统一领导，集中管理”模式，虽然高校对从不同渠道取得的科研经费进行集中管理，但财务管理部门无法从科研经费的合理性和效益性进行有效控制，各项目的相关规定存在较大差异。财务人员对科研经费的筹集、运用、耗费等全过程运作缺乏了解，在会计处理上出现会计科目、项目设置的不合理，项目经费如何使用基本上是由项目负责人决定，收入与支出完全按照项目负责人的要求进行核算。有的财务部门将科研经费当作代管经费的性质进行管理。由于项目负责人对科研经费有绝对的控制权，经常会出现科研经费支出的无序性和随意性，截留、违规的现象。许多高校对科研经费使用的监督力度不够，审计部门未能充分发挥其事前、事中监督职能，只是在科研项目结题时对科研经费使用情况进行审签的事后审计，不能及时发现经费开支的漏洞，并提出相应的解决办法。所以，这些科研经费未能真正高效地投入到科研活动，财务及审计管理人员无法合理有效地管理、监督科研经费的使用。
(四)科研成本核算的不规范导致会计信息失真
国家科技部联合相关部委发布文件，为科研项目研究经费提出了指导性原则，并界定了课题费的内容，明确指出：“课题费包括与课题研究的所有直接费用和间接费用”。直接费用是指课题研究过程中使用的可直接计人课题成本的费用，一般包括人员费、设备费及其他研究费用等；间接费是指为实施课题而发生的难以直接计入课题成本的费用，一般依托单位课题服务的人员费用和其他行政管理费支出，以及现有仪器、设备和房屋等固定资产的使用费或折旧费等。全成本核算是将科研项目消耗的所有资源成本纳入科研项目进行核算，但在实际中较难实施，主要因为高校的教学与科研有着密切的联系，事业经费与科研经费的成本往往相互渗透，影响了科研经费全成本核算的实施。同时，大量的公关费、个人提成及与科研项目无关的个人开支占据了科研经费很大的比例，由于高校财务管理大多只重视收支管理，成本、效益意识淡薄，造成了高校科研经费使用情况的会计信息失真。
(五)资产管理的忽视造成国有资产流失
高校对科研经费形成的资产监督和管理还相当薄弱，特别是对移动性比较大的资产，如电子设备和图书资料等资产，在科研课题结题后，以上资产仍滞留在科研人员手中，有的科研人员甚至将其视为私有财产据为已有，学校难以做到固定资产的合理配置与资源共享。此外，就是对科研经费所形成的专利技术等无形资产，学校没有及时进行管理，进行无形资产的账务处理。以上都造成了资产的浪费、流失和失控，这与缺乏有效的监督机制直接相关。
