目前，高校科研课题按照来源渠道的不同分为纵向课题和横向课题。不论是纵向课题还是横向课题，其经费的使用与管理都具有专款专用、单独核算、完成任务后要专项结题的特点。结合实践，笔者认为应把握以下审计重点：一是审查经费管理的严肃性、科学性。重点审查本校制定的管理办法是否与国家有关规章制度相抵触，管理制度是否健全、合理，手续是否严密、科学，是否做到了不同部门间的互相制约。二是审查经费来源的合法性、合规性。由于纵向课题与横向课题的经费取得形式不同，审计的重点也就不同。纵向课题的取得一般都经过国家、部委或地方政府部门的专家组严格审核，可不再进行专门审查。横向课题，由于是与委托单位以协议的形式实现的，不一定都经过专家审核，缺乏对科研协作的真实性、可行性的监督，故应着重审查科研合同的合法性、科研成果归属等问题，以杜绝资金损失浪费或挪作他用。三是审查经费支出的合理性、有效性。就目前开展的审计实践来看，纵向课题财政拨款部分主要是由国家各级审计机关或委托社会审计实施的。“横向”课题主要由合作单位委托社会审计进行。高校内部审计的工作重点应放在纵向课题学校配比经费上，对于虚设课题骗取资金、改头换面多头申报等已超出单纯科研经费管理范畴的问题，则应以国家审计监督为主导，内部审计起配合、协助作用。内部审计应将审计关卡前移，变监督为管理，配合相关职能部门，就“立项申请书”、“任务合同书”中“本课题所需大型仪器设备采购”栏中所列示的仪器设备的专业对口性问题借助专业科研机构和专家的力量一起予以论证、把关，确保配套经费专款专用，同时，建议可以建立使用台账，要求使用人员清楚记载使用时间、主要用途、在场人员等，这样既避免购买仪器的浪费，又为后续审计提供了依据。
(三)定量结合，建立客观公正的科研效益评价指标
科研成果的效益是经费提供者最为关注的问题，也是衡量科研工作成效的重要标志，它不单包括经济效益，还包括技术效益和社会效益。主要依据是科研课题在任务合同书中明确了的各项经济、技术及社会效益指标。例如：创造的利润、实现的产值、人才培养、论文发表数量、专利情况、获奖情况等，基本以定性描述为主。具体需要获取课题结题成果的相关数据，与任务合同书约定的目标进行比较而作出判断。但定性描述一般均超出内审人员专业知识范畴，要充分结合相关领域专家的意见，才能对效益性做出正确评价。不便于常规性科研经费审计业务的开展，结合实践，可以建立一套常规科研经费审计定量指标，便于开展日常工作，如表1所示。高校内审工作者可以通过对相关指标的计算、对比、权衡，分析各课题组的科研经费使用效率，从中找出差异、发现问题、开展工作。
