一、高校科研经费审计的问题
目前，高校科研经费内部审计监督工作的开展力度与形势发展的要求相距甚远，如何找准科研经费审计重点，对症下药，在具体实施中还存在一定的困难，具体如下：
(一)“课题制”管理模式的隐忧
由于当前科研课题的数量及经费额度已成为衡量高校科研实力和学术水平的重要依据，某种程度上决定着高校的“排名”，也是高校创收的重要来源之一。因此，为刺激教师争取项目的积极性，许多高校都将争取到的科研经费实行高比例的资金配比，同时也导致了对其预算及使用情况的疏于监管。甚至有观点认为，科研经费是教师自己争取来的，项目负责人花自己的钱，其他人无权过问，且持这种观点的人不在少数，甚至部分领导也对此给予认同。
(二)经费开支合理与否的界定
一方面，用科研经费购买的物品、材料究竟是否真正用于科研项目无法界定，如购买手提电脑、微波炉、冰箱等，既可以用于居家生活，也可以在科研攻坚阶段，为教师在科研场所日以继夜地工作提供便利；另一方面，用课题科研经费购买的仪器设备是否真正服务于该课题，由于科研项目涉及相关专业领域的深层次知识，而目前高校内部审计人员缺乏与科研专业领域的长效沟通机制，审计人员对一些专业设备、材料及管理费用的支出是否合理无法做出职业判断。
(三)效益型评价指标的缺乏
科研经费效益性评价包括经济效益、技术效益和社会效益三方面。评价以获得批准项目的“立项申请书”、“技术开发合同”为主要依据。但其中对完成技术效益的评价往往超出审计人员的专业范畴，而社会效益评价又以定性描述居多，以科技部、财政部2006年7月最新颁布的《国家重点基础研究发展计划管理办法》[(国科发计字)(2006)330号]为例，其中第38条规定要对科研项目实施效益评价的内容仅为：“……重点评价研究成果的实质性贡献和作用，重点评价研究成果的原创性和科学价值，对学科发展的推动作用和国际影响”。这样的表述只能作为科研经费审计的参考内容，而不能作为审计依据，没有具体可操作性。
二、高校科研经费审计问题的对策
(一)内外兼修，搭建和谐发展的科研经费审计平台
一方面，高校内审人员应熟练掌握科研经费审计相关政策、法规，借鉴国内外经验，强化自身理论水平和业务技能，在引进专业人才的同时，借助社会上科研机构和专家的力量增强科研审计的能力，弥补自身专业技术力量的不足；另一方面，通过部门网页、学报、座谈会等形式，宣传科研经费内部审计的目的和作用，增强教师及相关管理部门对科研经费审计重要性的认识，促使项目负责人加强自我约束，赢得有关领导的重视和支持，从而搭建和谐发展的高校科研审计平台。
