根据财税〔2008〕81号文件规定，对农民专业合作社要弄清楚以下几项税收政策：
1.对农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品免征增值税。这里有一个条件，农业产品必须是“本社成员生产的”，否则就不能享受免征增值税优惠。
2.增值税一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农业产品，可按13%的扣除率计算抵扣增值税进项税额。这里明确购进的是农民专业合作社的“免税农业产品”，其他农业产品或商品则必须按照现行政策规定计算抵扣。因此，对农民专业合作社销售给增值税一般纳税人的其他农业产品则要考虑税收问题。
3.对农民专业合作社向本社成员销售的农膜、种子、种苗、化肥、农药、农机，免征增值税。这里规定的是“向本社成员”销售上述六种商品，才可以享受免征增值税，否则不能享受免征优惠。因此，在实际经营中既要把握好销售对象，又要把握好规定的商品品目。
4.视同农业生产者销售自产农业产品免征增值税政策。《增值税暂行条例》第十六条规定，农业生产者销售的自产农业产品免征增值税。财政部、国家税务总局《关于印发〈农业产品征税范围注释〉的通知》（财税〔1995〕52号）对“自产农业产品”作了规定：《增值税暂行条例》第十六条所列免税项目的第一项所称的“农业生产者销售的自产农业产品”，是指直接从事植物的种植、收割和动物的饲养、捕捞的单位和个人销售的注释所列的自产农业产品。对农民专业合作社销售的外购的农业产品，以及外购农业产品生产、加工后销售的仍然属于注释所列的农业产品，不属于免税的范围，应当按照规定税率征收增值税。
案例
三友农民专业合作社自2007年7月1日成立，同时办理了设立登记、工商登记及税务登记手续，小规模纳税人。当年取得农业产品销售收入100万元，其中本社成员生产的农业产品销售收入40万元，社外收购并销售取得收入60万元；销售农膜、种子、种苗、化肥、农药等取得销售收入80万元，其中向社内成员销售取得收入50万元，向社外销售取得收入30万元，应纳增值税有两种情况。
方案一：能够明确划分、准确核算社内社外、应税商品与免税商品的购进及销售收入。根据财税〔2008〕81号文件规定，对农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品免征增值税，向本社成员销售的农膜、种子、种苗、化肥、农药、农机，免征增值税。因此，仅就“社外收购并销售取得收入”和“向社外销售”部分计算纳税：
应纳增值税=（60+30）/（1+4%）×4%=3.46（万元）
增值税负担率=3.46/（100+80）/（1+4%）×100%=2%
