一、行政事业单位全面预算管理存在的主要问题
（一）预算组织机构设置简单，人员配备不足。
这一问题在事业单位中是普遍存在的问题，制约着单位预算工作质量的提高。产生这一问题的原因，主要是由于领导对于预算管理的重要性缺乏认识，单位的预算机构形同虚设，只是空有其表，单位在实际进行日常收支活动时，根本不按照编制的预算执行。传统的预算通常采用基数加因素调整的方法，部门经费完全由基期的相关数据决定，而不是根据部门项目情况，人员配备情况来进行合理的安排，这样做只能使“贫富差距”加大，不能适应部门的发展需要。
（二）预算编制的过程简单，时间短，质量低。
单位的预算编制应该是一个严谨、认真的过程。单位应该设置充足的时间来编制预算。现在，多数的事业单位没有设置完善的预算编制程序，导致预算编制人员的主观理解在预算编制过程中占据了主导地位，这也就难以保证预算编制的统一性标准。另一方面，预算编制应该是单位各项事业运行的起点，在整个单位的预算体系中发挥着重要的作用。因此，单位应该留给预算编制人员充足的时间；便于他们核查各项支出的可行性和可能性，但是日前大部分事业单位编制预算的时间都在一个月左右，这就使得预算项目指标不能得到充分的认证，缺乏预算编制的可信程度，使预算编制在初期就不能保证质量，也就更不必说预算的实施和监督工作了。
（三）事业费拨款数额的测算方法缺乏科学合理的模式。虽然财政部加大了预算改革试点的范围，但对大部分事业单位仍实行“基数法”。从现行事业经费的分配方式看，虽然几经改革，但始终未能跳出“基数法”的框架，没有从经营机制上搞活事业，使事业经费发挥最大的社会与经济效益。随着社会主义市场经济体制的建立，现行事业经费分配办法的缺陷日趋明显，已难以适应财政改革和事业发展的需要。
（四）预算外资金与预算内资金相脱节，预算编制不全面。
我国事业单位传统的预算体系是预算资金内外分离的预算体制，使单位在编制预算时，不能充分考虑预算外资金的收支情况，但随着经济体制改革的深入，大部分事业单位的经费来源已经不是单纯的依靠国家预算内资金的拔付，而在很大程度上是依靠经营收入来弥补资金的不足。这也使得单独考虑预算内资金编制的财务预算逐渐失去了其经济意义，不能真实的反映单位的收支状况和运营效率。
（五）制度执行不力。
对资金的管理。一是职工借用公款没有及时催收形成呆账;二是对有偿资金不及时清算形成坏账。
对原始票据的管理。近年来，对原始凭证的管理进行规范化、制度化的同时，也出现了一些问题，主要是原始票据记载的内容、信息失真，甚至出现了“假冒伪劣”的数据。要想有效地解决这一问题，必须从源头抓起，加强原始票据的管理。
应缴款项的管理。实际工作中，单位的应缴款项管理不够规范，使用上比较混乱，使其大部分游离于财政监督之外，乱支乱用，在一定程度上助长了腐败行为的发生。
年终清理结算和财务结账。一是会计部门和财产管理部门没有按有关规定，对各项物资进行清理盘点，致使盘盈、盘亏资产不能及时查明原因，按规定做出处理，调整财务，从而导致账实不符。二是没有按规定进行年终结账。检查中发现部分单位没有按新财务制度的规定，将收入支出账户的余额全部转入"结余"账户，而是仍沿用旧的账务处理方法，将本年度结余虚列支出转入存款，造成本年度内收支不实。
（六）缺乏行之有效的监督机制。
对事业单位经费支出管理与效益考核缺乏行之有效的监督机制。从目前事业单位整体上来看，支出预算分配模式及管理体制仍停留在粗放型水平，管理体制尚未理顺，由此在支出管理上与监督考核方面缺乏强有力的控制与行之有效的约束机制和激励机制。同时经费使用的社会效益如何，也缺乏系统考核机制，从而增加了经费使用的随意性。
二、对策（一）加强行政事业单位对于财务预算管理的认识，转变行政事业单位对于财务预算管理的观念。
首先，预算管理是发达国家政府和企业多年积累的成功的管理经验，实行财务预算管理是单位建立自我约束，自我控制，自我发展的良好机制的有效办法，能优化资源配置，强化单位管理，提高单位行政、办事效益。
其次，预算管理不仅仅是财务部门的工作，而是整个系统或单位内部各项资源的最优整合，它的战略性和系统性要求各职能部门共同参与，它是一个系统工程。
再次，增强预算法制观念，强化预算约束，实现预算管理的科学化、法制化是全面贯彻《预算法》的要求。
（二）推行复式预算管理。
实行复式预算管理，强化财务管理的计划控制职能。复式预算管理即将统一预算年度的经费收支按其不同性质，分别汇编成两个或两个以上收支对照表，以特定的预算收入来源来保证特定的预算支出费用，并使两者之间保持相对稳定的对应关系。实行复式预算管理，有利于强化财务监督管理职能，可以把各项收支按其不同性质，分开管理，并根据其财力来确定两种资金的比例，从制度上杜绝两种不同性质资金在安排使用上的相互挤占和挪用。同时，实行复式预算管理后，对不同性质的经费实行不同的管理方法，能较快地提高财务预算的约束力度。
（三）科学编制行政事业单位财务预算编制，合理安排预算编制时间，改革预算编制方法。
首先，安排充足的预算编制时间。预算编制是个系统工程，它既要掌握单位本身方方面面的情况，又要考虑系统、行业状况；既要着眼于年度需求，又要考虑历史，预测未来；既要满足单位业务发展需要，还要考虑国家财力；既要讲求局部效果，还要考虑社会整体效益等等。这其中包含着调查研究、综合分析、项目论证、目标预测、协调平衡等大量工作，充足合理的时间安排是其基本要求。
其次，改革预算编制方法，彻底摈弃“基数法”全面推行“零基预算”。目前行政事业单位采用的一般是“二上二下，分级编制，逐级汇总”的预算编制程序。在这个过程中，必须实事要求是地掌握人员情况、业务发展需求，并以此为基础，确定人员、业务经费水平，要综合考虑内外部因素、历史和未来因素的影响，科学预测经济发展变化，并以提高效益为目标，编制具前瞻性的预算。
（四）建章立制，严格执行。
加强财务制度建设，建立有效的支出约束机制。一是综合性的管理制度，如加强经费管理制度、财务人员岗位职责等。二是单项的管理制度，如加强办公费、电话费、邮资费等管理制度。三是相关性的管理制度，如接待制度、车辆管理制度等。这样，从单位内建立起有效的支出约束机制，做到有章可循，并且严格按制度办事，以堵塞漏洞，节约资金，防止经费支出中“跑、冒、滴、漏”，最大限度地提高各项资金的使用效益。
强化开支计划性，合理安排项目经费。首先确保人员经费开支，其次保证必要的办公经费需要，然后再按照轻重缓急安排其他项目的开支。计划制定后，还必须严格执行，防止前紧后松，保证计划的有效性。
严格经费支出管理，杜绝挥霍浪费现象。第一，建立严格的经费开支审批制度。对于每项开支，都必须严格按规定的权限审批后方可报销。第二，制定严格的经费开支报销程序。每一笔开支都必须取得合法有效的票据，并附有关批件，由经办人员负责签字，财务人员审核，领导审批后才能予以报销。第三，统筹安排使用各项经费。第四，加强经费开支的事前监督。第五，健全单位财产物资的管理。
（五）加强预算执行监督。
加强预算执行监督是深化预算管理的关键环节，单位预算经上级单位批复后，严格按照预算批复执行，并对预算执行情况进行监督是深化预算管理的关键。加强预算执行监督主要是对资金使用情况进行监督考核。不能认为按照预算将有关的资金支付了，预算执行任务就完成了，对资金使用过程进行监督，对资金使用效益进行考核评价，是预算执行的必要延伸。加强预算执行监督，一是要制定必要的内部监督管理制度。对资金使用过程进行监督，单靠单位财务部门的力量是远远不够的，必须制定相应的内部制约监督机制，让单位监察、审计、业务主办部门等参与到资金使用监督活动中来，对资金使用的各个环节进行全方位、多角度的监督，做到对资金使用过程监督有制度约束，有人力保障，确保资金安全、合理、有效使用；二是对资金使用效益，尤其是项目资金使用效益，要有考核评价机制。一方面，对资金使用效益的考核评价，是对预算编制水平的检验，实际执行情况与预算差别较大或资金使用效益不理想的，就应考虑调整预算编制的标准、方法；另一方面，在目前对多数项目资金采取以拨代支的预算管理模式下，项目主管部门和实施单位建立项目资金使用效益评价机制尤为重要。效益评价应对项目实施的全过程进行综合评审，对项目资金使用效益进行考核。只有这样，才能做到对项目资金的使用事前有计划、事中有监督、事后有评价，实现对资金使用全过程的追踪问效管理。
