同时，非居民企业在中国境内未设立机构、场所的，或者虽设立机构、场所但取得的所得与其所设机构、场所没有实际联系的，“应当就其来源于中国境内的所得缴纳企业所得税”。这一情况下，该企业的适用税率应是20%。
也就是说，如果一家企业被认定为居民企业的话，那么该企业全球的收入就将都要纳入中国的税网。反之，则该企业将只针对来源于中国国内的收入才交企业所得税。张宝云指出，受此影响最明显的，将是所谓的“返程投资”企业，甚至包括红筹股。
“返程投资”企业是中国旧有企业所得税法律体系下一个特殊产物。在国家为吸引外资而将税收扶持政策更多给予境外企业的情况下，部分内资企业选择了在开曼群岛等所谓的“避税天堂”或者中国香港地区建立一个所谓的公司，通过这一壳公司把投资注入中国，跟原来的公司做一个合资，或者把原来公司的业务，资产全部买过去，重新开始经营，通过这种安排享受优惠政策。
而随着两法合并，内外资税率实现统一，这种返程投资的相对吸引力没有了，不再区分身份来享受不同的税收政策。因此，税收专家多判断，此后的“返程投资”企业将会越来越少。
然而，现有的“返程投资”企业，如果按照新的“居民企业”的界定标准，中国税务当局则很可能依照法律将这种所谓的海外投资者拉进中国税收之中，按照居民企业将其全部海内外收入纳入征税范围。原因在于，这类企业往往是由中国国内的人士来管理，还有一些是跨国公司在中国设立地区性的管理机构，都会面临这一局面。
案例解说
不过，吴嘉源分析认为，上述可能性给企业带来的影响并不是单向度的，“可能是正面的，也可能是负面的，需要根据具体情况而定。”
这是因为，按照新的规定，如果是外国投资者在中国境内获得股息、红利，将需要缴纳10%的预提所得税。而如果该公司被认定为居民企业，这部分收入则可以免征所得税。
德勤税务合伙人林绥为此举了一个例子，如果有三家企业A、B、C分别在中国、香港和美国注册，其中A是B的子公司，B是C的子公司，且香港设立的B公司因实际管理地在中国大陆而被认定为中国居民企业纳税人。那么按照新法的规定，如果A公司向B公司进行分红，则可按居民企业之间分红免征税，但当B公司向C公司分红时，由于B公司是中国大陆居民纳税人，须按照中美税收双边协定(而不是香港的税法)缴纳10%的预提所得税。而如果B公司不是大陆居民纳税人，则A公司向B公司进行分红需要缴纳大陆和香港双边税收安排下的5%的预提所得税，由于香港和美国没有税收双边协定，因此B公司向C公司分红不需要缴纳所得税。两相对比，B公司被认定为中国居民纳税人企业后如果对C公司分红时则多征收了5%的所得税，这部分为中国税收收入，也是新税法对于国家税基的保护。
不过，由于新发的实施细则和相关配套措施尚未到位，上述两类企业目前的纳税问题并没有具体落实。
林绥向记者解释称，一般来说，如果一个企业向海外关联企业分红的话，必须通过国内银行的企业帐户进行资金汇出，银行则会按照相关外汇管理规定要求企业提供纳税凭证。“但目前国税总局还没有制定出对在香港和海外注册的公司成为居民纳税人之后的税收征管措施，一般有可能会让这些公司在国内登记注册和开设一个专门的纳税帐号，但这涉及到方方面面的问题。”
至于红筹公司，林绥表示，国税总局反避税部门其实主要针对的是以避税为主要目的的公司，而红筹公司在成立之初主要还是考虑到商业目的，例如更好地吸引外国投资者等，因此这些红筹公司在境外设立公司并非以避税为主要目的。但是按照公平原则，如果更详细的规则出来，红筹公司可能也会受到影响。
但也有市场人士表示，目前监管部门正在积极酝酿红筹股的回归，如果最终选择通过在国内注册的办法，那么对于这类公司来说就不存在上述问题。
而针对近期希望进行海外扩张和海外上市的企业，林绥认为，如果设立是商业为主要目的的话，仍旧可以考虑在海外注册公司。不过公司最好做一个相应的评估，即如果被认定为中国居民纳税人企业将带来何种负面影响。
