核定征收土地增值税做法存在以下弊端：一是核定征收率偏低，造成税款流失。目前采取核定征收率征收土地增值税的地区，大多数把征收率确定为销售收入的1%～3%之间。按照《土地增值税暂行条例》（以下简称“《条例》”）规定，土地增值税采取按增值额的超率累进税率征收，最低一档税率为30%，计税依据为增值额。如果按照上述征收率倒推得出土地增值税的增值额占销售收入的比例大致为3.33%～10%之间，这样一来，增值率高的纳税人就会因为核定征收而少缴税款，造成大量税款流失。
二是改变了计税依据和税率，土地增值税的特殊调节功能丧失。我国开征土地增值税的主要目的是：规范土地、房地产市场交易秩序，合理调节土地增值收益，维护国家权益。
它设置的主要原则是对转让房地产的增值收益征税，在房地产转让环节计征，增值多的多征，增值少的少征，无增值的不征。着重于调节转让房地产的过高收益，抑制房地产投机、牟取暴利的行为，保护从事正常房地产开发的房地产商的合法权益。因此，我国规定土地增值税的计税依据是房地产转让的增值额，税率是超率累进税率，以实现土地增值税的特殊调节功能。但是，在整个地区“一刀切”地对房地产企业采取核定征收率的方法征收土地增值税，房地产企业都按“销售收入”乘以“征收率”缴纳土地增值税，形成了事实上的把计税依据由增值额变为销售额，把超率累进税率变为了固定比例税率，把不易转嫁税负对收益环节征收的调节税转变为易于转嫁税负的流转税，土地增值税对土地增值收益的特殊调节功能丧失，它不但不能抑制房价过快上涨，反而会助推房价上涨。
针对土地增值税核定征收管理中存在的弊端，笔者建议：
一是采取有力措施，减少核定征收范围。建议相关部门对土地增值税核定征收问题提出指导性意见，明确要求各地主管税务机关严格按照《税收征管法》第三十五条的规定和《条例》第九条及其《细则》第十三条、十四条规定的条件和办法掌握核定征收土地增值税的标准，不得违规扩大核定征收范围。对确实难以准确核算收入、成本、费用的纳税人，要严格审查，并督促这些企业尽快建账建制，积极引导企业向查账征收过渡。对已实行核定征收的纳税人，全面检查，发现其一旦具备查账征收条件，要及时改为查账征收。
二是采取科学的核定征收方法，保持土地增值税的特殊调节功能。对于确实无法查账征收的纳税人，采取核定征收的方法征收土地增值税是符合法律规定的。核定是建立在一定合理因素基础上的对应征税款进行估算的一种方法，这种核定只是相对的合理。因而核定的税款准确程度只能是相对的，但是核定税额不是简单的随意确定，而应有合理、合法的依据。尽管其核定的应纳税额不能保证与实际完全相符，但也要求尽力减少征税误差，保持其相对的合理性。而目前这种针对房地产开发企业按查账方法难以合理准确地计算土地增值税税额时，按统一的征收率征收土地增值税缺乏科学性和合理性。
对于无法查账征收土地增值税的企业，应该首先采取一定的科学合理的方法来确定计税依据，土地增值税的计税依据是增值额，而增值额是根据转让收入和扣除项目金额计算出来的。因此，只要采取一定的方法核定出转让收入和扣除项目金额，然后按适用税率计算应纳土地增值税即可。
对此，《条例》第九条及其《细则》第十四条已作明确规定，即在纳税人提供的转让价格和扣除项目不实的情况下，应由法定的房地产评估机构进行评估，税务机关根据评估价格确定房地产转让收入和扣除项目金额。虽然按评估价格计算土地增值税，评估出来的数据和实际数据会有些差异，但在尽可能的情况下使核定的税收接近实际应纳税款，是符合税收合理性要求的。同时由于通过评估得出来的是收入和扣除项目，由此计算出增值额，仍可按超率累进税率计算征收，土地增值税的调节功能仍然起作用。
三是完善对房地产企业土地增值税的管理制度。税务机关应严格执行土地增值税的预征和清算的规定，并要求房地产企业必须按期向主管税务机关报送与房地产开发项目有关的财务会计报表及有关凭证等资料。主管税务机关要加强对房地产开发企业的跟踪管理和过程控制，如应分户设立房地产企业管理台账，建立地区房地产行业相关指标数据库，以便于对土地增值税纳税情况进行评估。同时，主管税务机关要加强与房地产相关管理部门的协调配合，及时掌握相关信息。对于预征土地增值税的，要按照有关规定汇算清缴。
