《高新技术企业认定专项审计指引》遵循风险导向审计的原则，规范了注册会计师进行高新技术企业认定专项审计的基本流程，明确了专项审计的报告形式。现代企业的规模扩张和业务复杂化使注册会计师在审计工作中不得不依赖内部控制，如何在审计工作中利用内部控制，一直是审计实务的难点和重点。这里谈谈对《指引》中有关了解和测试内部控制的一点看法。
坚持自主创新、促进科技进步是我国的一项长期，为扶持和鼓励高新技术企业的发展，我国对高新技术企业实施所得税。科技部、、国家税务总局于2008年4月」4日联合发布的《》要求，为高新技术企业认定工作提供服务，申报企业近三个年度研究开发情况表和近三个会计年度的以及技术性的情况表需要由注册会计师审计。
《》遵循导向审计的原则，规范了注册会计师进行高新技术企业认定专项审计的基本流程，明确了专项审计的报告形式。现代企业的规模扩张和业务复杂化使注册会计师在审计工作中不得不依赖，如何在审计工作中利用内部，一直是审计实务的难点和重点。这里谈谈对《指引》中有关了解和测试内部控制的一点看法。
一、以申报企业及其环境的结果指导内部控制的了解
自上而下是审计方法的基本特点，指引很好地体现了这一要求。注册会计师在了解和评价申报企业的内部控制之前，需要对申报企业及其环境进行了解和评估，具体而言，注册会计师需要从行业状况、与监管环境及其他外部因素、申报企业的性质、申报企业对的选择与运用、申报企业的目标、战略以及相关、申报企业业绩的衡量与评价等方面具体展开。对企业及其环境的了解，有助于注册会计师形成有关申报企业内部控制的背景知识，有助于注册会计师评估申报企业申报明细表的。以此为基础，注册会计师可以申报企业申报明细表的重大错报风险为线索，进而全面、深入地了解其内部控制。
二、通过流程分析识别内部控制中的关键控制点
对内部控制的了解既包括、也包括申报企业的风险评估过程、信息系统与沟通、控制活动、对控制的监督。由于高新技术企业认定专项审计区别于通用目的审计，对申报企业的了解应该突出与研究开发费用和高新技术产品（服务）收入相关的环节。
如何将研究开发费用从公司全部的费用中分离出来，如何将高新技术产品（服务）收入从全部收入中区分出来，如何避免高估研究开发费用和高新技术产品（服务）收入是高新技术企业认定专项审计的一个特点。在流程层面，指引要求注册会计师从立项和管理、人员管理、设备及材料管理、委托外部研究开发管理、结项管理等流程分析中识别研究开发费用的关键控制点从接到客户订单、将订单输入系统、核准信用状况及赊销条款、检查订单并准备发货、编制发运凭证（或提货单）、递交发运凭证（或提货单）至客户、开具销售、复核销售发票的准确性并递交至客户、生成销售明细账、汇总销售明细账并过入至总账、维护客户档案等流程分析中识别高新技术产品（服务）收入的关键控制点。
三、依托控制目标评估内部控制设计的合理性
企业的内部控制随着企业所处行业、企业规模、企业发展阶段、企业面临的监管环境等的不同而不同。在了解内部控制阶段，《指引》强调依托企业的管理现状展开内部控制的了解程序，体现“企业如何管理就如何审计”。面对不同的企业，注册会计师如何以相对一致、相对稳定的标准来评价所了解到的不同企业的内部控制以保证审计质量呢，《指引》以“错报可能发生的环节”为例说明注册会计师的评估依据。针对“错报可能发生的环节”，指引列举了常用的控制目标，以控制目标为依托评价内部控制，例如在研发费用的人工费用控制目标中，注册会计师需要考虑的目标有：怎样确保所有的研发工资或奖金费用已入账；怎样确保非研发人员的工资或奖金不计入研发费用；怎样确保研发工资费用或奖金在正确的期间予以记录等等。不同企业内部控制的具体方式存在差别，但不同企业的控制目标却是相同的。对高新技术企业认定专项审计而言，内部控制就是要保证研发费用和高新技术收入专项报表的可靠性，这一目标又可以结合交易和余额的认定层层分解，形成具体的目标。以控制目标为依托开展评价工作，就是要求注册会计l币将在流程分析中已经识别的关键控制点与控制目标相比较，评价关键控制点能否有效实现控制目标，相关内部控制是否有效。
