注意《办法》中的法律责任
《办法》作为实际反避税的操作指南，其法律责任主要依据《企业所得税法》、《企业所得税法实施条例》、《税收征管法》和《税收征管法实施细则》设定。具体到企业税收实务中，主要包括以下几项内容：
调整应纳税所得额。对于应纳税所得额的调整，《企业所得税法》及其实施条例作出了规定，《办法》则进一步作了明确。其中，《办法》第九十条规定，企业未按规定准备、保存和提供同期资料证明关联债权投资金额、利率、期限、融资条件以及债资比例等符合独立交易原则的，其超过标准比例的关联方利息支出，不得在计算应纳税所得额时扣除。这是对财政部、国家税务总局《关于企业关联方利息支出税前扣除标准有关税收政策问题的通知》（财税〔2008〕121号）的完善。
加收利息。根据《企业所得税法》第四十八条，《企业所得税法实施条例》第一百二十一条、第一百二十二条的规定，税务机关根据税收法律、行政法规的规定，对企业作出特别纳税调整的，应当对补征的税款，自税款所属纳税年度的次年6月1日起至补缴税款之日止的期间，按日加收利息。《办法》第一百零七条、第一百零八条对此进一步明确，对加征利息是否有追溯力的问题作出了回答，即仅对“2008年1月1日以后发生交易补征的企业所得税税款，按日加收利息”。
加收罚款。反避税调查过程中，是否加收罚款，《办法》并没有明确，而是规定了适用《税收征管法》及其实施细则相关规定，具体包括：
《办法》第一百零五条规定，企业未按照本办法的规定向税务机关报送企业年度关联业务往来报告表，或者未保存同期资料或其他相关资料的，依照《税收征管法》第六十条和第六十二条的规定处理。即由税务机关责令限期改正，可以处2000元以下的罚款；情节严重的，处2000元以上10000元以下的罚款。
《办法》第一百零六条规定，企业拒绝提供同期资料等关联交易的相关资料，或者提供虚假、不完整资料，未能真实反映其关联业务往来情况的，依照《税收征管法》第七十条、《税收征管法实施细则》第九十六条、《企业所得税法》第四十四条、《企业所得税法实施条例》第一百一十五条的规定处理。即由税务机关责令改正，可以处10000元以下的罚款；情节严重的，处10000元以上50000元以下的罚款。
对应调整。消除双重征税对企业的影响，是各国税收立法的一个方向。体现在反避税过程当中，当对其中的关联交易一方进行调整的时候，是否允许另一方作对应调整，以消除双重征税。《办法》第十一章“相应调整及国际磋商”对此进行了明确。其中，《办法》第九十八条规定，关联交易一方被实施转让定价调查调整的，应允许另一方作相应调整，以消除双重征税。相应调整涉及税收协定国家（地区）关联方的，经企业申请，国家税务总局与税收协定缔约对方税务主管当局根据税收协定有关相互协商程序的规定开展磋商谈判。
值得注意的是，上述规定是否适用于境内关联交易，办法并未明确。《企业所得税法》实施以前，我国为了消除国内因关联交易调整造成的重复征税，国家税务总局下发《关于企业与其关联企业之间的业务往来相应调整问题的批复》（国税函〔2003〕1284号）规定，对广州市国税局审计该公司与其关联企业之间的融通资金往来所支付或者收取的利息超过或者低于没有关联关系的企业之间所能同意的数额而作出的应纳税的收入或者所得额的调整，应允许其关联企业作相应调整，以消除双重征税。但从财政部、国家税务总局《关于企业关联方利息支出税前扣除标准有关税收政策问题的通知》（财税〔2008〕121号）规定“企业自关联方取得的不符合规定的利息收入应按照有关规定缴纳企业所得税”透露出来的信息，对境内关联交易的对应调整是不允许的。
通过上述分析，特别纳税调整并不同于一般税法违法行为的调整，如按偷税或编制虚假计税依据加收罚款，对不缴和少缴的税款加收滞纳金，而是采用加征利息的方式。同时，由于应对调查的资料准备、转移定价调查所增加的支出，更多地体现在长期的过程和人力支持上。
