二、需考虑的问题
1、要有合法和合理依据
对于收到或支付的赔偿款不管是否需要缴纳流转税，都必须由各方分别提供收取或支付赔偿款的合法、合理的依据。此有两方面的意义，一是作为证明和判断赔偿行为真实存在的合法、合理的依据；二是作为进行会计和税务处理的合法依据。笔者认为，这些依据应该是如下几种：
（1）法院判决书或调解书；
（2）仲裁机构的裁定书；
（3）双方签订的提供应税货物或应税劳务的协议；
（4）双方签订的赔偿协议；
（5）收款方开具的发票或收据。
2、防止弄虚作假
在实务中可能存在弄虚作假的问题， 如一些纳税人可能将支付给对方的折扣、折让、回扣、佣金或其他性质的返还款等作为赔偿款支付，以逃避或减轻纳税义务，所以，对于赔偿款真伪的判断尤为重要。
因此，对于判定为虚假的赔偿款，一方面需查明其真实意图，另一方面还需分析和考虑支付方是否不得扣减计税额（包括流转税计税额和所得税计税额），以及收取方是否需要缴纳流转税的问题。
例如：甲公司与乙公司为关联方，年底双方签订了一赔偿协议，协议注明，因甲公司销售给乙公司的货物存在质量问题，甲公司需付给乙公司赔偿款30万元，甲公司出具了由乙公司主管税务机关开具的《企业进货退出及索取折让证明单》，并由甲公司开具了30万元红字发票。实际情况是，甲公司为了将其应税利润转移给免征所得税的关联企业乙公司而采取的转移利润的行为。该行为即为弄虚作假的赔偿行为，不但不可以抵减增值税，也不可以少缴所得税。
