例如：甲公司因所销售产品的质量存在问题，购货方乙公司与甲公司商定，由甲公司支付30万元赔偿金给乙公司。对于乙公司而言，由于乙公司仅是购买货物而非销售货物，所以，乙公司收取的30万元不存在增值税暂行条例及其实施细则所规定的增值税的纳税义务，无需缴纳增值税，但乙公司应将此30万元作为所购进货物的抵减额冲减相关产品的购进成本（对于重新索取增值税专用发票的需相应调减增值税进项税）；对于甲公司而言，所支付的30万元实际上相当于对乙公司销售货物的折扣或折让，应该按照折扣、折让的相关规定进行帐务处理。此分两种情形：
一是甲公司可以依据乙公司退回的增值税专用发票或乙公司主管税务机关开具的《企业进货退出及索取折让证明单》重新开具发票，调减原销售额30万元并相应减少应纳流转税；
二是如果甲公司未能索取到退回的增值税专用发票或索取到乙公司主管税务机关开具的《企业进货退出及索取折让证明单》，则甲公司不能从销售额中减除30万元而少缴流转税和相应的所得税。
但对商业企业从供货方取得的赔偿费的问题必须注意两点：
一是如果是商业企业从供货方取得的与商品销售量、销售额无必然联系，但商业企业又向供货方提供了一定劳务的收入，例如进场费、广告促销费、上架费、展示费、管理费等，而商业企业以赔偿款的名义收取，则应根据国税法〔2004〕136号文件的规定，按照营业税的适用税目税率征收营业税。
二是如果是商业企业从供货方取得的与商品销售量、销售额挂钩（如以一定的比例、金额、数量计算）的各种返还收入，如果商业企业以赔偿款的名义收取，则根据国税法〔2004〕136号文件的规定，应按照对平销返利行为的有关规定冲减当期增值税进项税金，不征收营业税。
2、经营营业税应税项目而引起的赔偿
（1）提供营业税应税项目方收到的赔偿款
对纳税人提供营业税应税项目，如果因受让方违约，提供方从受让方收取的赔偿款是否纳税的问题，营业税暂行条例及其实施细则虽未有明确规定，但财税〔2003〕16号文件有明确规定，即“单位和个人提供应税劳务、转让无形资产和销售不动产时，因受让方违约而从受让方取得的赔偿金收入，应并入营业额中征收营业税。”由此可见，在应纳营业税应税项目的经营活动中，如果因受让方违约而由受让方支付给提供方的赔偿款，提供方均需缴纳营业税，而不管营业税应税项目是否已经提供。另外，双方需根据具体情况分别进行相应的帐务处理，即提供方取得的赔偿款应作为营业外收入入帐，受让方支付的赔偿款视情况作增加相关项目的营业成本或作营业外支出进行帐务处理。
（2）接受营业税应税项目方收到的赔偿款
在纳税人提供营业税的应税项目中，对于接受营业税应税项目一方因提供方违约而从提供方收取的赔偿收入，因接受方没有对提供方提供营业税应税劳务、转让无形资产和销售不动产，因此不存在接受方缴纳营业税的纳税义务，所以接受方从提供方收取的赔偿款也无需缴纳营业税。接受方收到的赔偿款应作为营业外收入进行帐务处理，提供方支付的赔偿款应比照上述折扣、折让的相关规定进行帐务处理。
3、所得税的考虑
笔者认为，对于纳税人收到的赔偿款，不管是否需要缴纳流转税，都需要将赔偿款在扣除缴纳的流转税和相关损失后的净收益并入计税所得额缴纳所得税。即如果需要缴纳流转税，则在扣除缴纳的流转税和相关损失后并入计税所得额缴纳所得税；如果不需要缴纳流转税，则在扣除相关损失后并入计税所得额缴纳所得税。但是，如果涉及按照上述折扣、折让情形进行处理的，必须符合税法的相关规定，即在发票的收回、开具或重新开具以及《企业进货退出及索取折让证明单》的索取等方面必须符合税法规定，否则，折扣、折让额不可以计算抵减流转税，也不可以减少计税所得额。
