3. 全面预算管理内容不够完整。只注重财务收支预算，忽视现金流量预算、资本支出预算；只注重财务性指标预算，忽视非财务性指标预算；只注重量化指标预算，而忽视非量化指标预算。
4. 预算编制方法单一。基本上都采用传统的全面预算编制方法，即固定预算法、定期预算法和增（减）量调整预算法，且普遍存在上年完成数+增长率的模式，而现代全面预算编制方法如：弹性预算法、动态预算法、零基预算法等运用较少，而且预算程序缺乏效率。
5. 预算执行符合率偏低。没有建立预算管理所必须的责任会计核算体系，没有将预算执行考核与医院科室核算有机结合，预算反馈信息质量不高。
（二）当前医院实行全面预算管理，需要解决的问题
1. 要确立预算管理理念。首先要在管理层中间树立运用全面预算管理对医院进行目标管理的观念。医院院长可通过职能科室会议、院周会、院职工大会等多种形式将这一管理理念往下辐射和渗透，由上及下，由点到面，不断地强化各级各部门的预算管理观念，从而使全院上下达到一种共识，将这项工作作为日常工作来做。
2. 要做好基础工作，严格贯彻预算要求。医院实施全面预算管理要着重建立以全面预算为核心，优化财务管理组织体系， 可以在全面预算管理职能组织上设立财务决策中心、会计核算中心、资产配置中心和内部审计中心。财务决策中心负责医院财务管理工作，进行经营管理活动效益分析、研究和评价，为医院最高决策层提供财务决策支持与建议；会计核算中心负责医院会计核算全面工作，及时准确提供财务报表及报告；资产配置中心负责医院投资、筹资活动及现有资产的管理工作，保证医院资产实现高效配置；内部审计中心独立于其他3个中心，直接接受院长领导，主要负责医院内部审核、审计监督工作，并对医院各部门预算进行审计。
3. 要建立和完善内部审计制度，加强财务部门的队伍建设。审计部门要把握财务预算管理原则、控制机制、组织体系，以及财务预算的决策、编制、审查、执行、调整、分析和执行结果考核各环节，把审计监督贯穿于预算的全过程，通过审计健全和完善财务预算管理；财务部门要自觉接受审计监督，加强自身建设，整合组织资源，形成管理合力，提升医院财务管理水平。
实施全面预算管理是实现财务管理科学化、规范化的重要途径，全面预算管理作为加强内部管理控制的科学方法在医院推行和发展，预算管理工作将会进一步得到加强，有助于医院战略目标的实现，财务管理水平和市场竞争力提升，进一步提高经济效益。
