第一，难以突破财务审计的思维框架，审计的方式、方法上缺乏灵活性和多样性。目前很多情况下虽曰绩效审计，但是审计组却把精力较多地放在被审计单位的财务报表上，看账本的时间多、调查研究的时间少，对经济活动进行审计评价的深度和广度均不够，微观定量审计多，宏观定性与微观定量相结合的审计方式少，没有突出绩效审计经济性、效率性、效果性的特点。随着社会的发展，原有的财务收支审计思维和相应的技术、方法已不能适应全新的绩效审计需求。
第二，适合我国国情的绩效审计评价体系仍是空白。评价功能是绩效审计的突出特点。开展绩效审计，需要有科学的审计评价标准来评价被审事项的综合绩效。由于国外成熟的绩效评价体系不可能完全适用于我国国情，因此我国目前急需科学的绩效评价体系以统一、规范绩效审计模式。由于处于无标准的审计状态，很容易出现做了大量的审计调查、取证工作之后，由于评价体系、方法的空白，难以形成统一、准确、有权威性的评价，甚至由于其他原因导致审计结果被歪曲。审计人员的自信心和自主性同时也受到打击，绩效审计的效果不可能好。
第三，审计人才专业结构不尽合理，目前的人员素质尚难以胜任绩效审计要求。绩效审计属于难度较高的审计，专业的深度和广度要求都比较高，审计技术与方法也更加复杂，这就要求审计人员除了具备财经、审计方面的知识之外还要通晓管理、法律和工程技术等多方面的知识。绩效审计还常常面对评价政府工作绩效的情况，这就对审计人员深刻了解政府工作体制、判定被审单位的业绩、作出准确而有深度的判断评价等方面的能力提出了极高的要求。如果审计队伍中没有一批掌握管理学、社会学、技术经济、计算机、法律、工程学等方面知识的非财经类专业人员，绩效审计在我国很难广泛地推广。审计人员专业结构性矛盾已成为制约绩效审计发展的关键因素。
第四，对重大违法违纪问题投入工作量比重过大的格局在短期内难以改变。发展中国家的一个普遍特点就是违法乱纪行为大量存在，反腐败仍是审计机关目前的一项重要任务。实际审计工作中常常出现明明是绩效审计，但在调查被审计单位的过程中一旦碰到了重大违法违纪问题，审计人员就又回到传统审计当中忙于查办。加之审计机关对审计干部的考核仍沿用财务收支审计时期的考核标准，这种状况很容易导致审计人员认为绩效审计不出“业绩”，只想简单应付了事。这种情况必然严重阻碍我国绩效审计的发展。
大力开展绩效审计是中国经济发展、社会进步的必然要求，也是中国审计事业迈上新台阶的必经之路。审计机关和审计人员可以从以下几个方面发挥创造性，推进绩效审计的发展。
第一，抓紧时间制定科学可行的指标评价体系。《审计署2008至2012年审计工作发展规划》明确提出了“着力构建绩效审计评价及方法体系”的目标。绩效审计评价内容包括对经济效益的评价和对社会效益的评价。评价标准按照性质可以划分为定性标准和定量标准两大类：定性标准一般包括被审计单位的各项组织活动是否符合国家的方针政策和法律法规的规定，合法并且有效才能形成效益；定量标准一般包括预先确定的标准、前期的历史标准、行业外部标准等三种类型。并且在制定评价指标时，应遵循定性与定量相结合、长期效益与短期效益相结合、经济效益与社会效益相结合的原则。
第二，通过培训、招聘等多种方式优化人员结构，提高审计人员的综合素质。经过认真分析现有人员的知识结构，有针对性地聘请专家结合辖内被审计单位的特点进行培训。要着手改变目前审计人员扎堆财务、审计专业的现状，引进以经济师、工程师以及高级管理人才为代表的复合型人才。必要时可以考虑聘任制公务员人才的引入，为绩效审计充分储备人力资源。
第三，加强绩效审计理论的研究。我国绩效审计仍在实践探索阶段，没有成形的知识理论体系可以供我们直接应用。因此当前迫切需要与中国国情相结合的科学规范的审计理论，在绩效审计的目标、范围、职能、程序、方法、报告、质量与风险控制、评价标准的制定与选择、审计资源的优化配置等方面作全方位的指导，以促进绩效审计在我国的顺利开展。
发展中国模式的绩效审计是一项长期复杂的工作，需要全体审计工作者共同努力探索。相信随着我国民主政治的进一步完善和社会法制化进程的加快，我国的绩效审计事业从理论突破到实践成果都会有重大发展。
