一、高校预算管理中存在的主要问题
（一）预算管理意识淡薄，预算制度未能得到应有重视
由于历史原因形成学校长期缺乏自主性,对学校事业计划缺乏长期规划，导致学校在预算时缺乏长远性，科学性和连续性。高校预算一般是编制一年执行一年，预算的主要任务是保证学校年度内的正常运行。目前，有的学校尚未真正建立健全财务预算管理制度，有的学校没把财务预算制度作为组织财务经营活动的法定依据。有章不循、随意更改的现象比较普遍，使预算成为摆设。不少学校制定了财务目标，也制定了一些相关的财务预算，这些财务预算表面上也表现出一定的先进性，但由于学校管理基础差，所编制的预算从一开始就缺乏生命力，难以据此对各项费用、支出加以有效控制，造成财务目标与财务预算的严重脱节。
（二）预算管理虚，资金管理散
在高校预算管理中，缺乏完整的预算控制系统，难以令高校的预算管理部门对由于预算执行过程受到各种主客观因素的影响造成的变化进行快速反应。一些高校尚未建立健全预算管理制度，有的虽然有了预算管理制度却有章不循，随意更改，预算形同虚设。资金的收支缺乏统一的筹划和控制，资金使用混乱、资金的流向与控制脱节，资金体外循环严重，事前监督，事中控制不力，事后审计监督因受多种因素影响效果不佳。不具备高校预算是大收大支的全额预算的特征，既无法反映预算资金全貌，也不利于考核预算资金执行情况。
（三）预算编制有一定的随意性和盲目性
一些高校在编制支出预算时，缺乏量化分析和科学论证，没能真正做到以收定支。一些高校编制公用经费预算，依然沿用“基数+增长”的粗线条估算方法，预算项目安排与会计科目缺乏合理的接口，不符合财政部门的预算编制要求。预算项目立项的完整性及部分项目预算金额确定的科学性，有待进一步提高。一些高校在预算下达后，没能实施监控、跟踪管理和指标考核。对下属各学院(部门)的预算执行情况和问题，财政部门心中无数。一些高校所属学院(部门)的负责人，盲目地使用资金，有钱用完再说，使预算执行偏离计划的轨道。部分预算项目直接或变相改变用途和使用方向。有些学校为达到上级部门对某些经费在金额上的要求，将部分不应该在该项目中列支的费用列支。由于财政收支矛盾突出，部门预算的编制和审定过程复杂，高校预算一般在上年决算完成后才开始编制，通常到当年的3、4月份才能下达，少数高校的预算到5月份才正式出台，形成一段时间的“预算真空”，这在一定程度上影响了年度预算的正常执行。
（四）缺乏完整的预算控制网络
从学校实际情况看，缺乏一个完整的财务预算控制网络，往往是费用预算控制较好，而收入预算执行情况较差；费用预算控制较好，而固定资产购置预算、资金预算控制较差，这种不健全的财务预算体系往往顾此失彼，难以发挥综合的整体效应。预算资金管理不规范。从学校预算资金的运行看，预算资金的收支缺乏统一的筹划和控制、随意性大，使用混乱、挪用资金从事长期投资的现象屡有发生，从而导致现金流量不平衡，支付能力不足，特别在上半年，很多学校实际上靠借新还旧来维持学校的正常运转。
