一、会计集中核算的成效
首先，进一步规范会计行为，提高会计信息质量和工作效率。实行会计集中核算后，事业单位的会计业务纳入会计中心统一核算，会计中心选配高素质的专职会计人员，运用会计电算化系统，严格按照国家统一会计制度进行核算，大大提高了会计核算工作的质量和工作效率，保证了信息资料的真实完整、及时和统一。
其次，加强财政资金管理，提高资金使用效率。会计中心成立后，各事业单位的财政资金全部集中在会计中心的单一账户上，有利于财政部门对资金加强统一管理，使资金调度更加灵活，有效提高了资金的使用效率，保证财政资金的安全。
再次，强化财政监督职能，减少了单位财务支出中可能发生的违规违法行为。实行会计集中核算后，单位的每一项支出都必须经过会计中心的严格审核，不合规定的票据不予受理，不合理的开支不予报销，对超范围、超标准的违纪、违规支出坚决予以拒付。
最后，促进了财政预算制度改革，确保政府采购与“收支两条线”管理工作的顺利实施。事业单位提出支付申请的依据是其预算指标，所有开支在单位审核的基础上再经会计中心审核入账；同时政府采购资金由会计中心统一支付，资金直达供应商，杜绝了回扣等问题。在“收支两条线”管理方面，事业单位撤消了所有银行账户，各项事业性收费及处罚收入均直达国库，实现了收缴分离、罚缴分离。
二、会计集中核算存在的问题
第一，会计信息的真实性难以监控。原始凭证是反映经济业务最基本的资料，对原始凭证的审核和监督是判断会计信息真实性的重要环节。会计中心的人员不参与单位的具体业务，只能根据票据来判断，一是看单位报账发票的手续是否完备；二是看票据是否规范合法。凡手续完备，票据合法有效，不管反映的经济内容是否真实。都必须报销。
第二，会计核算与财产物资管理相脱节。会计中心将记账、算账等工作进行集中，而财产物资等需要反映的客观经济事物仍分散在单位。如果单位领导与报账员法制观念淡薄，或因工作疏忽而不提供真实情况，会计中心将无从得知各单位的资产实有状况。特别是固定资产，会计中心只核算一级总账科目，明细账仍由单位登记保管，财产物资由原单位进行管理。
第三，缺乏可行、统一的经费开支标准。各预算单位执行不统一的经费开支标准，或者没有按经费开支标准规定执行，从而导致在报账业务的审核中，会计中心难以把握原则性与灵活性的尺度，经常会造成对某一支出项目预算单位请求支付与会计中心拒绝支付的矛盾，这也是会计中心面前急需解决的问题。
第四，单位领导和报账员对本单位的往来经济业务难以准确、及时地掌握。在处理单位往来经济业务时，由于单位报账员不进行日常账务处理，而会计中心只提供月报表资料，使单位领导及报账员对本单位债权债务不能及时掌握，给其结算工作增添了不必要的麻烦。
第五，缺乏规范的预算管理基础。由于我国当前的预算管理体制、预算监督机制还不健全，未能建立一套科学的公共支出预算管理体系；且纳入会计中心管理的事业单位在实行部门预算规范化方面尚有差距，在支出方面随意陸仍然存在，因而造成预算对支出的控制和约束仍然非常薄弱。
三、完善会计集中核算的建议
第一，加强报账员的管理和培训。单位报账员的具体工作包括：报账资料的收集整理、会计信息的传递、备用金的管理，据实登记会计台账，定期与会计中心核对，对单位会计事项的合法性进行领导审批前的审核及说明，向会计中心报账并说明单位经济业务及票据的真实情况等职责。由此可见，报账员的工作规范程度将直接关系到会计信息的真伪，因此财政部门应切实抓紧对报账员的培训和教育，提高其专业水平，加强《会计法》等国家各项财政法规和职业道德的教育，使其充分发挥会计集中核算的纽带和桥梁作用。
第二，完善内外监控制度，确保财产物资的安全。报账员在单位负责人领导下，除做好本单位的报账工作外，还要处理好经费预算管理、固定资产管理，建立起财产物资实物账并由财务主管负责登记，定期组织人员进行财产物资的盘点和核实，严格按规定程序办理财产物资增减变动和领用手续，定期与会计中心的总分类账进行核对，切实做到账账相符、账实相符。另外还要建立“大额借款、大额支出、超指标、超计划用款”审批制度，制订预算单位的财产物资管理制度等，明确相关责任人。
第三，会计中心转变职能，加强支出监督管理，从核算型向管理型转化。会计集中核算通过核对各部门预算指标情况，可以严格控制各部门的用款进度，加强预算资金支付的事前控制，会计中心在收到预算单位支付申请后应确定是否可以支付，如何支付，然后才可以通知银行付款。会计中心从核算型向管理型转变，要彻底扭转将其视作单纯的核算机构的观念，真正从源头上预防腐败，加强廉政建设。
