一、 当前我国民间非营利组织财务管理存在的主要问题
（一） 业务主管单位的领导对民间非营利组织会计制度的执行情况重视不够，监管不力
有的单位领导虽然兼任民间组织的主要领导职务，但对其财务管理不重视，造成了许多开支不符合要求，报销审批制度不规范。由于内部制约机制不完善，导致不少民办非营利组织的“一把手”一手遮天，为所欲为，毫无制约。有的民办非营利组织内部制约机制形同虚设，经费支出不透明，存在使用白条和收款收据等现象，严重违反票据管理制度，一些单位存在着“变相”将经费作为“小金库”福利基金等。
（二） 财会管理制度执行不力
一是没有规范的账簿，收入和支出管理混乱。许多民间非营利组织普遍认为盈亏是自己的，做不做账无所谓，有的记记流水账，没有原始凭证，有的甚至连流水账都没有。在收入方面不使用财政监制的“行政事业性收费票据”，而是使用市场上购买的收据收款，或者就像牙防组那样借用牙防基金会的票据收款，以逃避管理；有不少“官办”民间非营利组织还使用财政监制的“收款收据”，以逃避财政部门对其预算外资金的留成和管理，以至使付款企业的费用因票据不合法而不能在税前扣除；还有些组织收了款不给任何收据。在费用的支出方面，虚列公务支出和会议支出，而其中却包含了大量的各项劳务费用，且大量发放补贴、劳务、奖金、过节补助费用，有时从事业支出列支，有时从专项经费列支，且标准不统一，名目繁多，支出随意。
二是成本管理混乱。许多“民办学校”、“校中校”在计算教学成本时，将学校购建教室、校舍的资产成本一次性地计作教学成本。之所以要人为膨胀教学成本，是为了报送物价部门，好让物价部门根据“补偿成本、略有赢余”的原则确定学费收取标准。这也是“非营利”的教育能够演变成“暴利”行业的重要原因。
（三）民间非营利组织普遍存在财会人员素质低下的问题
很多民间非营利组织的负责人根本不知道主要负责人的会计责任；部分会计、出纳人员没有会计资格证书，未经岗位培训上岗，对新旧会计制度衔接不清楚，未按照《民间非营利组织会计制度》执行，从而造成了会计账目混乱现象。
（四）民间非营利组织的偷税现象严重
一是不按税法要求办理纳税登记与申报；二是账面上不计或少计收入、乱计成本费用，偷逃营业税、城建税、企业所得税等；三是个人（包括出资人和员工）净收入不按税法规定交纳个人所得税。
二、加强民间非营利组织财务管理的建议
（一） 严格界定民间非营利组织的性质
目前，许多所谓的民间非营利组织，虽然登记为“民办”，但实质是“官办”。他们和政府内部的职能部门往往是一套人马、两个牌子，或者由政府的职能部门指定挂靠在一个直接听命的关联单位，他们利用政府资源谋求部门和个人利益。在行政事业编制、行政许可、收费限制等行政约束面前他们自称为“民”，而在社会和百姓面前行使权利、收取利益时他们就成了“官”。这是许多所谓的民间非营利组织出问题的主要原因。
根据思路统一、体系完整、结构严密的法规体系，应严格理清官办和民办、公益和私益、营利和非营利的界限。将各种官办的“灰色收入地带”根据其性质分别归位。凡具有行政职能的划归行政单位系列；凡国家出资的公益非营利机构（如官办协会等）划归事业单位系列；凡国家出资的营利组织、或者民间出资的私营组织划归企业系列；只有真正由民间出资的、且受到严格监管的非营利组织（如民办协会、民办学校、民办医院、民管基金会等）才能划归民间非营利组织系列。这样做还有一个好处，那就是能为新《企业所得税法》实施后放开公益性捐赠扣除限制打下科学坚实的基础。
