自2011年7月1日起，新的医院财务、会计制度在公立医院改革国家试点城市执行，基层医疗卫生机构财务、会计制度和医院财务报表审计指引也将全面执行。随着新制度的推出，"审计风暴"将在医疗机构内刮起一场龙卷风。
据记者了解，与旧版制度相比，新修订的医院财务、会计制度对于医疗机构的审计监督成为最大的亮点。相关专家指出，审计制度曾在监督我国各级政府部门资金管理问题上发挥了重大作用，不少腐败、挪用财政资金的违法行为在"审计风暴"中被揭露出来，因此，审计制度已经成为最有效的第三方监督手段。
王军指出："防范财务风险、完善激励约束机制、加强医院内部预算和成本管理、加强医改资金的使用监督等各项工作，都离不开真实、可靠的财务信息。注册会计师对医院财务报表进行审计，有助于提高医院会计信息质量，增强财务状况和经营成果的真实性和公信力。"
在具体的实施过程中，新制度将明确规定对医院实行"核定收支、定项补助、超支不补、结余按规定使用"的预算管理办法，并规定地方可结合实际，对有条件的医院开展"核定收支、以收抵支、超收上缴、差额补助、奖惩分明"等多种管理办法的试点。
重点关注药品采购
目前，大多数医院都没有一套真正的医院财务管理制度，一些医院虽然有名义上的财务管理制度，但只涉及一些报销和费用审批及岗位责任制方面的管理，未对会计方法作出规定，也未对资产管理及账户处理过程中出现的各种情况提供指导性意见，只是照搬卫生部的医院财务管理制度。
据记者了解，不少医院存在不相容职务参与财务会计工作的问题。所谓不相容职务是指某些相关连的业务，如果集中于一个人身上就会产生差错或舞弊的可能性。例如，一些医院药房会计及自制药会计由一人承担，在药房领用药品时直接用药库的出库单代替药房的入库单，在药房药品明细账中任意调节，造成药品管理失控。
中国人民大学李宪法教授指出，由于药房管理不善，给医院带来了巨大的管理成本，西部地区一些三甲医院75%的药品加成收入消耗在药房的管理上。
据记者了解，药品和医疗器械采购环节将成为审计重点。与企业财务报表审计相比，医院财务报表审计在业务流程和内部控制、成本核算、固定资产管理等诸多方面具有很多特殊性。对于医院财务会计核算和内部控制中容易出现问题的领域和薄弱环节，《医院财务报表审计指引》明显指出医院购销环节存在错报风险，该文件指出："药品和医疗器械采购环节的控制存在缺陷，如采购的授权与审批权限设置不合理，缺乏有效的制约，存在违规采购。"
因此，会计师将对"如相关人员收取供应商回扣的情况，被审计医院是否规定工作人员不得从供应商那里获得回扣和礼品；不得参加供应商提供的免费旅游等活动；工作人员不得收取患者医药费之外的礼品或礼金；对违反有关政策和规范的行为是否采取适当的惩罚措施等情况"进行重点审计。
保障补偿资金合理使用
随着医改的逐步推进，通过财政补偿解决"以药养医"，推进"医药分开"，此时，如何查明医疗机构财务状况、取消"以药养医"之后所需要的补偿，以及补偿资金的使用情况，成为新财务制度审计监督的方向。
王军指出："引入注册会计师审计制度，有利于进一步加强对政府卫生投入资金使用情况的监督管理，形成科学有效的监督体系，这是确保医改资金投入与使用安全、规范、透明有效的重要机制。"
医药卫生体制改革使被审计医院运营所处的行业环境发生了变化。业界应通过实行药品购销差别加价、设立药事服务费等多种方式逐步改革或取消药品加成政策，同时，采取适当调整医疗服务价格、增加政府投入、改革支付方式等措施完善被审计医院补偿机制。这些改革会对被审计医院的药品采购、医疗收入、财政补助等多方面产生影响。
为了应对医改启动之后，医疗机构在财务上面临的复杂局面，新财务制度将根据收入按来源、支出按用途划分的原则，合理调整医院收支分类，配合推进医药分开改革进程，弱化药品加成对医院的补偿作用，将药品收支纳入医疗收支统一核算，根据业务活动需要，收支分类中单独核算科研、教学项目收支。这些规定既体现了医院的公益性质和业务特点，又规范了医院的各项收支核算与管理。
