1.治理结构不完善，内部控制环境薄弱
2008年末，我国141家中央企业中，按《公司法》注册的只有21家，不足15%。许多中央企业名义上是公司，实际是国有企业改制成为国有独资公司的，仍按《企业法》注册，受《企业法》调整。这种股权结构单一的公司治理结构存在先天缺陷。决策层与管理层交叉任职，关键时刻往往是管理层“人治”代替“法治”，董事会的监督和制衡功能被严重削弱，内部监督也难以真正发挥作用，导致企业内部控制环境薄弱。
2.管理链条长，主业不清晰
管理链条过长，必然造成信息传递不畅，母公司战略意图难以贯彻。此外，一些中央企业历史上形成的多种经营、主业不突出问题尚没有得到彻底解决，部分中央企业又因为在发展过程中缺乏战略性思考，贪大求快，盲目追求多元化，造成新的主业不明问题，使得中央企业面对更加复杂条件下的内部控制设计，不得不加大内部控制成本。
3.对内部控制理解不到位
在观念上还有不少人将内部控制活动与内部控制体系划等号。例如，通常我们所说的授权审批、不相容岗位的分离等，仅仅是内部控制中与会计控制相关联的一小部分控制活动，除此之外，内部环境、风险评估、信息与沟通、内部监督也是内部控制不可缺少的要素。五个要素构成一套完整的体系，贯穿于企业经营的全过程。
另外，高级管理人员往往被排除在控制体系之外。然而，恰恰由于经营层所处地位和掌握的权力远非基层员工可比，一旦发生问题，造成的后果将更加严重。
4.“走出去”加大控制难度
近年来，越来越多的中央企业开始在世界经济的舞台上崭露头角，企业战线更长，布局更分散，加之国际市场情况复杂多变，大大增加了中央企业内部控制的难度。
