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通常情况下，煤矿企业之间的并购大部分是收购方为了整合目标企业的煤炭资源，所以在审计过程中，必须清楚被兼并重组煤炭企业是否已经合法取得采矿权。目前我国采矿权分为两种情况：一是从国家直接取得采矿权；二是从其他企业手中取得采矿权。对于煤炭企业已经缴纳的资源价款部分应当是计入企业的无形资产中，属于资产。另外，对于未缴纳资源价款的采矿权能否列入被兼并重组企业的资产，应区别情况处理，对被兼并重组煤矿所涉及资源量已全部核定了价款尚未缴清的，应该作为被兼并重组企业的资产，未缴纳价款是采矿权人对国家的负债，不影响其享有的采矿权；对只征收了首期资源量价款，剩余资源量尚未制定价款征收标准和核定价款的，不能列为被兼并重组企业的资产，应由兼并重组后的企业缴纳；对被兼并重组煤矿在2005年―2007年煤炭资源整合和有偿使用中已批准扩界或增层所涉及的新增资源量，国土资源部门已核定了价款，因价款额较大而采用分期缴纳尚未缴清的，应列入被兼并重组企业的资产；对在本次兼并重组中进行扩界或增层的新增资源量，因为其不具备采矿权取得要件，不能列入被兼并重组企业资产。在审计中，注册会计师应审查企业提供的煤矿储量地质报告、储量报告评审意见书及评审备案证明、采矿权出让合同及采矿权价款缴纳凭证等，以确认资源价款的缴纳情况。实际上，一些地方小煤矿几经转手，其账面体现的资源价款与国土资源部门核定实际缴纳的资源价款相差较大，对此，注册会计师审计过程应予以特别关注，必要时应向国土资源部门进行函证。
六、土地使用权问题
审计过程中，我们发现一些被兼并重组煤矿企业，土地使用手续不是很规范，大多租用的是当地集体的土地，没有土地使用权证。因此，在审计时注册会计师要取得有关的土地租赁协议，查看租赁协议中约定的租赁主体、租赁期间等内容。如果租赁协议还在有效期内而且收购后的这个煤矿主体资格没有灭失，那么还应当继续履行其协议。这就需要注册会计师在审计报告中进行披露说明。
七、债务核实问题
被兼并重组煤矿大多属于个人经营，在购买煤矿、缴纳资源价款以及对煤矿进行改扩建时都需要大量资金，这部分资金来源多数是民间个人高利贷，并且多数是以个人的名义借的。在审计时，审计人员必须对这些负债进行清理和划分，审查有关的借款合同并在可能的情况下和债权人进行沟通。关注合同借款人名称以及合同的签章。如果是个人行为，那么这笔债务应由其自行承担；如果是煤矿的公司行为，那么应当属于煤矿的债务。此外，注册会计师在审计中，还应关注一些其他债务，包括煤矿与所在地村民委员会约定，由煤矿向村委会及村民提供特定补偿而发生的债务，以及由于纠纷而引起的诉讼所产生的诉讼债务等，必要时应在审计报告中进行披露。
八、税务问题
一些被兼并重组煤炭企业前期处于停产或半停产状态，相关的税费基本都不进行计提。对此，注册会计师应予以特别关注，了解其适用的税种、附加费及相应的计算基础，检查企业是否按规定计提并缴纳各项税费，必要时可向当地税务机关、财政部门、国土资源部门了解相关税费缴纳情况。
九、承担社会公益投入问题
煤矿企业承担着大量社会责任，一些煤矿企业按照政府的要求捐款建学校、修公路、修医院、村民饮水工程、农村文化活动建设等。在煤矿兼并重组过程中被兼并重组煤矿企业要求把这些列入煤矿经营性投入，而兼并方则认为属于公益性捐赠，不能作为煤矿经营性投入，对此，注册会计师应与各方深入交换意见，认真核实这些投资是否直接基于企业的经营目标。
十、承诺函使用问题
在对煤矿企业兼并重组审计过程中，发现部分注册会计师对一些不太容易获取审计证据的领域，直接要求被审计的煤矿企业出具一份承诺函予以确认。笔者认为，承诺函作为一种内部证据，不能替代应实施的审计程序，否则会带来较高的审计风险。
