①增值税偷税数额占应纳税额的10%以上并且偷税数额在10万元以上的；
②骗取出口退税的；
③虚开增值税扣税凭证的；
④国家税务总局规定的其他情形。
2、进入辅导期纳税人的性质不同，辅导期长短也不同。
《辅导期管理办法》第五条规定，新认定为一般纳税人的小型商贸批发企业实行纳税辅导期管理的期限为3个月；新办企业及已认定为正式一般纳税人因故转入辅导期管理的辅导期限为6个月，而原国税发明电[2004]37号规定纳税辅导期一般至少为6个月。
3、提高了专用发票开票限额。
《辅导期管理办法》第八条规定，实行纳税辅导期管理的小型商贸批发企业，领购专用发票的最高开票限额不得超过10万元，较国税发明电[2004]37号、国税发明电[2004]62号规定提高了9万元；其他一般纳税人专用发票最高开票限额可由主管税务机关根据企业实际经营情况核定。
4、辅导期过后不合格的要重新纳入辅导期管理。
《辅导期管理办法》第十五条规定，在纳税辅导期内，主管税务机关发现辅导期纳税人存在偷税、逃避追缴欠税、骗取出口退税、抗税或其他需要立案查处的税收违法行为的，从期满的次月起按照规定重新实行纳税辅导期管理。
九、明确了超过标准不申请一般纳税人认定的强制措施。
国税函[2010]139号第八条第二款规定，已超过小规模纳税人标准，接到主管税务机关送达的《税务事项通知书》后在规定的时限内仍未向主管税务机关报送《一般纳税人资格认定表》或者《不认定增值税一般纳税人申请表》的，应按《细则》第三十四条第一款第（二）项规定，按销售额依照增值税税率计算应纳税额，不得抵扣进项税额，也不得使用增值税专用发票，直至纳税人报送上述资料，并经主管税务机关审核批准后方可停止。
十、取消了分支机构办理一般纳税人需提供总机构一般纳税人证明的规定。
原《增值税一般纳税人申请认定办法》（国税发[1994]59号）第三条第二款规定，纳税人总分支机构实行统一核算，其总机构年应税销售额超过小规模企业标准，但分支机构年应税销售额未超过小规模企业标准的，其分支机构可申请办理一般纳税人认定手续。在办理认定手续时，须提供总机构所在地主管税务机关批准其总机构为一般纳税人的证明（总机构申请认定表的影印件）。新认定政策取消了这一规定。
