如果股权出资属于同一控制下的企业合并行为，从最终控制方的角度，企业合并交易或事项原则上不应引起所涉及资产、负债的计价基础发生变化。根据《企业会计准则第20号—企业合并》的规定，在同一控制下的企业合并方应当在合并日按照取得被合并方所有者权益账面价值的份额作为投资方对被投资方的长期股权投资的初始投资成本，初始投资成本与支付股权的账面价值之间的差额，应当调整资本公积，资本公积不足冲减的，调整留存收益。同时，投资方因进行企业合并的股权出资而发生各项直接相关费用应当于发生时计入当期损益。
另外，根据《企业会计准则第7号—非货币性资产交换》的规定，如果非企业合并方式下以股权出资的行为，不能满足该项股权交换具有商业实质的条件，或者在出资股权或换入股权公允价值不能够可靠计量的情况下，投资方则应当以出资股权的账面价值和应支付的相关税费作为换入股权的成本，不确认损益。
以上情况所涉及的会计处理均不需要确认股权转让损益，但根据《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》（国税发[2000]118号）的规定，除经税务机关批准合并业务中涉及当事各方可暂不确认资产转让所得或损失外，企业以经营活动的部分非货币性资产对外投资，应在投资交易发生时，按公允价值销售有关非货币性资产和投资两项业务进行所得税处理，并按规定确定资产的转让所得或损失，依法缴纳企业所得税。以股权出资属于文件规定的以非货币性资产对外投资，所以在计算应纳税所得时需要按规定确认转让股权损益。
值得注意的是，即使经税务机关审核确认，在出资企业可暂不计算确认资产转让所得或损失的情况下，根据《国家税务总局关于执行〈企业会计制度〉需要明确的有关所得税问题的通知》（国税发[2003]45号）的规定，接受投资企业取得的长期股权投资的成本，仍可以按合同或协议价值来确定。但由于股权隐含的增值或损失在税收上未确认实现，投资方对被投资方的长期股权投资初始成本应按原出资股权的账面价值作为计税基础，从而产生纳税调整差异。
另外，在会计处理上，同一控制下的企业合并方为进行企业合并发生的各项直接相关费用应当于发生时计入当期损益，而在税务处理上，《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第七十一条规定“通过支付现金以外的方式取得的投资资产，以该资产的公允价值和支付的相关税费为成本”，因而会计上长期股权投资的初始成本与计税基础存在差异，企业需要做好备查登记，并按规定进行纳税调整。同时，由于同一控制下的企业合并属于关联方之间的业务往来，按照《中华人民共和国企业所得税法》第四十一条的规定，企业与其关联方之间的业务往来，不符合独立交易原则而减少企业或者其关联方应纳税收入或者所得额的，税务机关有权按照合理方法调整，也会产生纳税调整差异。
