4.《管理办法》和《管理工作指引》的某些规定有待商榷。企业收入增长可能会出现负数，如果评价企业增长的指标（如资产增长率、收入增长率）过于硬性化，可能使一些很有潜力的企业被拒之门外；在研发项目的技术判定上，讲述得不够具体、细致，对有关指标的计算也规定得比较模糊，审计人员较难判定企业的在研项目是否确为高新技术项目。
5.高新技术企业认定的宣传力度不够。由此造成的情况是：一方面，不少企业误认为高新技术企业认定的门槛较高而不敢申报。另一方面，企业对认定专项审计重视不够、不得要领，对相关政策的了解不够积极、主动。
另外，注册会计师不是高新技术领域方面的专家，往往无法识别费用是否真正用于研发活动，产品（服务）的生产与提供是否确实利用了高新技术。对特殊领域和涉及国家机密的技术合同，企业通常不愿提供。个别科技园区对园内企业进行不同程度的干预，向他们推荐一些“关系事务所”，造成不少会计师事务所和申请企业工作的被动。
三、改进建议
1.会计师事务所应采取积极措施，加强与相关部门的协调沟通。相关部门应进一步完善和明确《管理办法》和《管理工作指引》的相关规定。与此同时，中注协应强化行业监管，加大高新技术企业认定宣传力度，着力优化注册会计师执业环境，增强事务所自律意识，规范事务所执业行为，大力扶持质量高、信誉好的会计师事务所开展认定审计工作。
2.因认定专项审计难度较以往大大增加，许多地方都超出了注册会计师专业胜任能力的范畴，事务所应进一步掌握《审计指引》和相关认定文件精神，积极寻求外部行业技术专家的帮助，与有专业特长的律师事务所、知识产权代理公司等相关机构积极开展业务合作，增进申报企业对认定工作的理解与支持，确保其顺利通过高新技术认定。
3.为便于研发费用和高新技术产品（服务）收入的审计确认，应进一步规范和完善认定企业的研发支出和高新技术产品（服务）收入核算。具体来说，一方面，事务所应按照《企业年度研究开发费用结构明细表》的内容要求，引导企业按研究开发项目，分别“人员人工”、“直接投入”、“折旧费用与长期待摊费用摊销”、“设计费”、“设备调试费”、“无形资产摊销”和“其他费用”进行明细核算，做好企业内、外部研究开发投入额的填列。同时，还要引领和指导企业制定合理的费用分配标准。另一方面，有关部门应进一步细化和完善高新技术产品（服务）收入核算方面的相关规定。
4.事务所要注重与客户的全程沟通，强化对认定企业的业务培训和专业辅导：①在认定审计开始前，事务所要结合认定政策编写培训资料，给申报企业提供认定咨询、业务培训等前期服务，提前告知其应准备的认定资料。若有可能，应积极联系科技园区等认定机构，对申报企业进行专题辅导。在认定审计实施过程中，事务所要与客户相关责任人就审计业务方面的问题进行沟通，重点关注成本、费用的合理性与正确性，高效完成外勤审计工作。认定专项审计报告出具后，事务所要与客户继续保持沟通，做好后续服务工作（比如辅导客户填写网上资料）。②加强对客户的专业辅导，引导其完善会计核算体系，建立、健全适合企业自身特点的企业内部控制制度，为认定专项审计奠定良好基础。
5.优化审计人员业务操作：①申报企业研发费用和高新技术产品（服务）收入的发生频率通常较高，仅凭实质性测试难以获取充分适当的审计证据，因而，注册会计师应注重对申报企业内部控制的了解和测试，以有效控制和降低审计风险。②除重点关注相关控制活动和信息系统外，在申报企业相关指标接近认定标准时，应当对与研发费用和高新技术产品（服务）收入相关的认定给予高度关注。③认定专项审计往往时间紧，事务所要始终遵循《审计指引》要求，充分贯彻风险导向审计理念，严把质量控制和风险管理关。
6.实施认定资料备案制度。即要求企业将研发项目的可行性研究报告、科技计划立项证明、项目验收报告、知识产权证书（独占许可合同）、生产批文、新产品或新技术证明材料、产品质量检验报告等认定资料提前递交相关政府部门进行备案登记，以便事务所能够及时获取真实完整的认定信息，确保审计工作的效率效果。
