对非居民企业而言，特许权使用费是指其在中国境内未设立机构、场所（或者虽设立机构场所，但下述所得与该机构场所没有实际联系）而提供在中国境内使用的专利权、非专利技术（专有技术）、商标权、著作权（版权）以及其他特许权的使用权而取得的收入。2009年9月14日印发的《国家税务总局关于执行税收协定特许权使用费条款有关问题的通知》（国税函[2009]507号，以下简称507号文），首次对在国际税收协定中如何适用特许权使用费条款做出了系统规定，这将对我国引进外国先进技术和优秀的知识产权成果、工商及科学实验设备租赁产生较大的影响。
一、特许权使用费来源地的判定标准
2008年开始实施的《中华人民共和国企业所得税法实施条例》规定，特许权使用费所得的来源地按照负担、支付所得的企业或者机构、场所所在地确定。即某项特许权转让给中国境内的企业使用，若使用费由其在境外的关联企业支付或者负担，则这笔特许权使用费就不属于来源于中国境内的所得。这其实是采用特许权使用费支付者的居住地为特许权使用费的来源地，不仅我国新企业所得税法采用这一标准，法国、比利时等一些欧陆国家也同样采用。因为如果特许权许可一方授权中国境内企业使用其特许权，同时在使用合同中约定，由该使用特许权的中国境内企业的设在不征收特许权使用费预提所得税的国家或地区的关联企业向许可一方缴纳特许权使用费，就可能绕开中国政府对特许权使用费课征的预提税。不征收特许权使用费预提所得税的国家包括荷兰、挪威、瑞士、瑞典等国。
二、设备租金所得应适用特许权使用费条款
一般来说，国际税收协定中没有单独的租金条款，我国税法所称的租金所得在税收协定中必须根据出租标的物的具体性质判断其适用何种协定条款。507号文要求，凡税收协定特许权使用费定义中明确包括使用工业、商业、科学设备收取的款项（即我国税法有关租金所得）的，有关所得应适用税收协定特许权使用费条款的规定。税收协定对此规定的税率低于税法规定税率的，应适用税收协定规定的税率。将设备租金置于国际税收协定的特许权使用费条款中进行适用并非突发奇想，曾经轰动一时的泛美卫星税案就是将卫星线路租赁费作为特许权使用费进行处理的。这样规定也从另一个侧面体现了国际税收协定优于国内税收法规的税法原则。
以2009年8月28日签订的《中华人民共和国政府和捷克共和国政府对所得避免双重征税和防止偷漏税的协定》为例，该协定第十二条指出，本条“特许权使用费”一语是指使用或有权使用任何文学、艺术或科学著作，包括电影影片、无线电或电视广播使用的胶片、磁带的版权，任何专利、商标、设计或模型、图纸、秘密配方或秘密程序，或任何工业、商业、科学设备所支付的作为报酬的各种款项；或者为有关工业、商业、科学经验的信息所支付的作为报酬的各种款项。显然，根据该协定，非居民企业从我国取得的工业、商业、科学设备租金应适用特许权使用费条款，我国国内税法对非居民企业的租金和特许权使用费适用的预提所得税税率都是优惠税率10%，中捷税收协定税率则规定不超过10%，两者保持了一致。现实中，我国同有些国家和地区签订的税收协定税率可能低于国内法定税率，此时应优先适用协定税率。
值得注意的是，507号文规定，租金适用特许权使用费条款不适用于使用不动产产生的所得，使用不动产产生的所得应适用税收协定不动产条款的规定。仍以中捷税收协定为例，该协定第六条对不动产所得做了四款规定：一是缔约国一方居民从位于缔约国另一方的不动产取得的所得（包括农业或林业所得），可以在该缔约国另一方征税。二是“不动产”一语应当具有财产所在地的缔约国的法律所规定的含义。该用语在任何情况下应包括附属于不动产的财产，农业和林业所使用的牲畜和设备，有关地产的一般法律规定所适用的权利，不动产的用益权以及由于开采或有权开采矿藏、水源和其他自然资源取得的不固定或固定收入的权利。船舶和飞机不应视为不动产。三是第一款的规定应适用于从直接使用、出租或者任何其他形式使用不动产取得的所得。四是第一款和第三款的规定也适用于企业的不动产所得。不难看出，房屋、建筑物等租金所得在税收协定中应适用不动产所得条款，而非特许权使用费条款。
