农村财务“双代管”取消“账户”的做法存在如下弊端：
一是改变了会计科目意义。按照《村民自治法》与《村集体经济组织会计制度》规定，村是一级自治组织，其法人地位与设账都是独立与完整的。而这里取消了村级“银行存款”账户，就意味着村账资金存款成了代管中心“专户存款”或“托管资金”，且不论会计核算其科目是否随之变更，资金的实际存款性质与核算意义都已发生了改变。
二是弯转了资金到账程序。取消了村级“银行存款”账户后，一切外来资金与上级拨款就都得通过代管中心“账户”走（到账）。而款到后，还要通过代管中心认账与通知（包括分解“乡财县管”——“零余额”账户的集中拨款）村才能来办入账手续，款才算真正到了村。这就没有村有“银行存款”账户直截了当，形成了资金到账程序弯转问题。也正是这一弯转，造成了有的资金长期搁置与出问题。
三是剥夺了村管账户权利。村级的“银行存款”账户取消后，款就都是存在代管中心账户上，而“中心”账户资金的管理权全权是代管中心（印鉴是代管中心公章、负责人、会计、出纳）。加之一个村的报账，也只能管自己的结报账与报账所得，其账户资金的全貌是无法知晓与参与，因而村就完全失去对该账户资金的管理与监督权。
四是扩大了代管中心实权。代管中心，只是中介机构（或者相当于），而不是经济实体。但村级“银行存款”账户取消，以代管中心名义开设总账户，代管中心就有了自己的“账户”实权。这里的账户资金虽说还是属于村，但对其“账户”资金的管理权不再属于村，代管中心客观上存在有可调度与挪用账户资金权，有的还存在有侵吞账户存款利息权。
五是增加了新的财务风险。取消村级“银行存款”账户的“双代管”，各村“银行存款”汇集于代管中心总账户，而代管中心又不是经济实体，也不是法定金融机构，其对账户资金的管理一旦出了问题损失无法挽回。尤其是有的“双代管”本身就不严格与规范，加之又是上级管下级的关系。下级无能为力。
因此，农村财务“双代管”不宜取消村“账户”，恢复一村一账一存款户的管理村账资金，其管理方式可为取消代管中心总账户与总出纳（资金会计）的由“中心”联村会计与村共管，以双方共出印鉴的管理各村“银行存款”账户资金，还权于村。其管理名称可为“联村会计代理与委派”，并以村有选择会计权的实行双边会计管理责任制的管理联村会计搞好工作。
