内部审计相对于民间审计和政府审计，其执行效率相对较差，强制性也较弱，因而不太受到重视；其次，由于内部审计主要围绕企业内部经营活动而开展监督、检查，因而受到企业内部影响较大。正是由于所处环境、地位的差异性，内部审计的现实状况不容乐观，存在着较多的问题，主要体现在以下几个方面：
（一）组织机构界定不清晰
按照《内部审计准则》的要求，各单位应当单独设立内部审计部门，独立于财务部门，受本单位主要负责人领导。但限于人员编制、经费的制约，很多单位设立的内部审计部门，仍然是一定程度上依附于财务部门的附属部门。有的虽然做到了形势与性质上的独立，但部门受谁领导一直很难确定。这种状况在很多企业普遍存在，急待调整。
（二）独立性难以保证
内部审计要真正能够开展工作，发挥其内部监控的作用，首要前提是保证自身的独立性。独立性要求保证两个层面上的独立：形态上的独立、实质上的独立。形式上的独立很容易做到，但实质上的独立则相对较难。最典型的人员和经济独立，需要依靠于人事部门和财务部门的支持，否则无法正常开展工作。因为人事部门可以决定内审部门的绩效考核和人事晋升，财务部门可以控制内审部门的财务运算和资金拨付。由于无法做到实质上独立，由此影响审计质量控制。
（三）质量控制缺乏科学合理的标准
作为一项控制体系，必须拥有一整套控制执行标准。目前，内部审计控制标准主要有《内部审计准则》和《审计机关审计项目质量控制办法（试行）》等，但这些规范是国家制定的一个框架性文件，可操作性不强，在实际应用过程中会遇到很多的问题。在实际执行审计项目时，过多的参与了人为的因素，靠自己的主观判断，严重降低了审计工作的质量和权威性。实际从事内部审计工作的人员，也急切期望着内部审计实务操作标准尽早出台。
（四）质量控制缺乏有效的绩效考核机制
由于目前缺乏一套操作性很强的质量控制标准体系，导致对审计项目的质量控制无从评价，内部审计人员的工作态度、低效率困扰着内部审计工作的展开。市场经济环境下，应当强化经济责任审计，不但要对非内审部门加强审计，更要加强对内审部门本身的责任审计，从根本上保证内审的方向与效率，调动内审部门的积极性与创造性。
（五）质量控制专业人员素质不高
内部审计工作是一项专业性非常强的活动，光靠勤奋和努力远远不够，还要有专门的知识技能作为支撑。相对于社会审计和政府审计，内部审计的服务面比较窄，这方面培养专业人才非常少，能够真正从事内部审计工作的人则更少。目前从事内部审计的人员专业知识还很欠缺，而且不能适应快速发展变化的经济环境。
二、内部质量控制体系构建的关键点
一个良好的企业管理应当建立起有效的内部审计控制体系，而内部审计控制又要着重加强质量控制，为企业的正常生产运营构筑起一道坚硬牢固的“防火墙”。针对目前内部审计存在的缺陷，应从组织构架、控制标准、评价机制、激励机制这几个方面加以考虑，强化内控质量体系的建设。
（一）明确内部审计的组织构架
内部审计质量控制系统的效率，取决于执行该系统的组织架构是否合理、高效。为了有效地组织内部审计机构开展工作，必须构建一套合理的组织体系。该组织体系应明确内部审计机构的职能与定位、内部审计机构的领导隶属关系、组织机构设置和人员配置。目前运行的内部审计机构组织体系面临着是总经理领导下的内部审计机构体系还是董事会领导下的内部审计委员会的选择。总经理领导下的内部审计组织体系，很可能产生内部人控制，作为管理层的总经理更关注公司的运营实绩，侧重于财务运营指标，要求内部审计更好地保护管理层利益，这就会伤害所有者的利益，使得投资人不能真实获取相关信息；董事会下属的审计委员会设置其常设机构内审部门，理论上可以很好地保护投资人利益，但缺乏长效跟踪机制，且董事会中具有专业技能的内审人员很少，难以从根本上保证审计的质量。结合两种方式的优缺点，应站在投资人利益的角度进行考虑，则会利大于弊。明确了科学的定位以后，选择恰当的组织构架能够很好地实施内部审计工作。
