（3）其他方法。
一是全部不缴纳企业所得税。对商业活动所得全面免税，而不考虑产生收入的活动是否与非营利目的相关。如在英国、澳大利亚、波兰等国，非营利组织的任何商业收入均可免除所得税，但前提条件是所有收入必须用于非营利目的。基于我国国情考虑，可以从两个层面来区别对待，对于“应税收支”占全部收支比例较小的事业单位，其所有收入用于非营利目的，可以参考国外“非营利组织”的有关规定，考虑全部免税。这种方式的缺点是很可能误导其投资选择，使大量资金流向营利领域，造成不公平竞争并助长逃税漏税风气。对于“应税收支”占全部收支比例较大的事业单位，可以在促进事业单位体制改革深化的前提下，使事业单位将营利业务剥离。如事业单位设立公司性质的下属单位，可将其“应税收支”业务转入下属公司运营，由下属公司按照有关规定缴纳企业所得税。这种方式的优点是从体制上将事业单位的“应税收支”和“非应税收支”分开核算，分别计税，可以提高征缴的准确性和合理性。但是这种方式只适合具有长期稳定的大比例“应税收支”的事业单位，其设立下属公司单独运营才具有可行性。
二是全额缴纳企业所得税，但适用低税率。有的国家对“非营利组织”从事的一切经济活动生成的利润实行全面征税制。如在保加利亚、印度、菲律宾等发展中国家，非营利组织从事所有商业活动生成的净收入，包括利息、股息、红利皆须缴纳所得税。该项规定虽然确保了国家税收的征缴，但它使非营利组织缺乏独立性和对外界变化的适应能力，抑制了组织规模的壮大。另外，有的国家对“非营利组织”参与营利性活动的收入给予低于企业所得税率的税收优惠。这是考虑到非营利组织的应税收入不能使私人获利，从而获得税法优惠政策的倾斜。如日本法律规定，公益团体参与营利性活动有权享受低档税率。结合以上两种思路，我国可以考虑不再区分事业单位的“应税收支”和“非应税收支”，而是直接将其全部收支相抵后计算结余，采用一个低于企业适用税率的档次征缴。适用税率由主管税务机关酌情核定。如企业所得税适用税率为25%，事业单位所得税适用税率可以为10%。这种计算方法的优点是最为简单易行，可以保证税源稳定；缺点是规定较为机械，尤其对于“非应税收支”占全部收支比例较大的事业单位，缺乏准确性与合理性。
三是允许部分应税收入免税，而超过该限额的部分则需纳税。有的国家如匈牙利，财团法人由经济活动所得净收益中可获得1000万匈牙利币或总收入的10%的免税，取两者中较高的数额予以免税，其余部分则须缴税。借鉴这种做法，我国主管税务机关可以根据事业单位收入比例调研情况，制定相应的纳税方案，既给事业单位一定税收优惠政策的倾斜，同时对于“应税收支”占全部收支比例较大的事业单位进行一定纳税征缴，从而保证税源稳定性和征缴公平性。
