预算单位零余额账户应用于行政单位会计和事业单位会计中，进行财政授权支付。在办理授权支付业务时，先由代理银行根据支付令，通过预算单位“零余额账户”将资金支付到供应商或收款人账户。虽然支付指令由单位下达，但财政不再将货币资金拨付到预算单位，而是将用款额度划拨到预算单位的“零余额账户”，于当日营业终了前由代理银行依照财政部批准的用款额度与国库单一账户清算，财政授权的转账业务一律通过预算单位零余额账户办理。
一、财政授权支付方式下收入、支出确认
预算单位应设置“零余额账户用款额度”科目。该账户可以办理转账、提取现金等结算业务；可以向本单位按账户管理规定保留的相应账户划拨工会经费。预算单位可以根据预算载明的用途，将财政补贴住房公积金、医疗保险费通过零余额账户转入单位基本存款账户，再通过基本存款账户将有关资金分别划拨到住房公积金管理中心和社会保险局。代扣个人所得税由该户直接上缴。现以甲事业单位为例（简称甲预算单位，下同），探讨“零余额账户”在预算会计中的账务处理。假设甲预算单位实行国库集中收付制度下的财政授权支付。
（1）甲预算单位收到代理银行盖章的“授权支付到账通知书”月授权额度为400万元，该额度记入“零余额账户”和“财政补助收入”。
借：零余额账户用款额度 4000000
贷：财政补助收入——财政授权支付 4000000
（2）甲预算单位购买材料9万元
借：库存材料 90000
贷：零余额账户用款额度 90000
（3）甲预算单位购置固定资产16万元
借：事业支出 160000
贷：零余额账户用款额度 160000
同时
借：固定资产 160000
贷：固定基金 160000
（4）甲预算单位从“零余额账户”提取现金1万元
借：库存现金 100130
贷：零余额账户用款额度 10000
（5）甲单位报销差旅费2000元
借：事业支出 2000
贷：库存现金 2000
（6）库存现金超限额的处理。预算单位将超过库存限额的现金缴存“零余额账户”，单位在填写现金缴款单时，注明提取现金开具的支付凭证号后两段数字，依据代理行盖章的现金缴款单用红字登记在“零余额账户”贷方，同时贷记“库存现金”。这样处理解决了因单位在缴库存现金时“零余额账户”上产生余额的问题。
甲单位缴库存现金5000元
借：零余额账户用款额度 5000
贷：库存现金 5000
