新企业所得税纳税申报主表以会计核算为基础，以税法规定为标准进行间接纳税调整，即在利润总额的基础上通过纳税调整，确定年度应税所得额。因反映在利润总额中的投资收益并不等于企业所得税法所规定的权益性投资收益，按权益法核算的长期股权投资收益和税法上确认的投资收益不一致，所以在计算应税所得额时，应对权益法下核算的长期股权投资收益进行纳税调整。
一、权益法下长期股权投资对初始投资成本调整确认收益的调整
权益法核算下企业取得的长期股权投资，初始投资成本小于取得投资时应享有的被投资单位可辨认净资产公允价值份额的，应对长期股权投资账面价值进行调整，计人取得投资当期的损益。而企业所得税法规定企业对外进行权益性投资，通过支付现金取得的投资资产，以购买价为成本；通过支付现金以外的方式取得的投资资产，以该项资产的公允价值和支付的相关税费为成本；初始投资成本小于被投资单位净资产公允价值的部分不计入计税所得额，计算所得税时应作纳税调整调减项目处理。
[例1]甲企业于2007年1月取得对乙公司40%的股权，支付价款1500万元，取得被投资单位净资产公允价值4000万元；甲企业对该项投资采用权益法核算；长期股权投资的初始成本1500万元小于取得投资时应享有被投资单位可辨认的净资产公允价值1600万，差额100万元在会计核算作为营业外收入处理，计算应纳所得税时，纳税调整减少金额100万元。
二、权益法下长期股权投资持有期间投资损益的调整
企业取得长期股权投资后，采用权益法核算的，应按照应享有或应分担被投资单位实现的净利润或发生的净亏损份额，调整长期股权投资的账面价值，并确认为当期损益。而在计算所得税时，这部分投资收益并不计入应税所得额；被投资单位发生的损失，按税法规定由被投资单位进行弥补，投资单位不得将权益法下确认的投资损失在所得税前扣除，因此需要做纳税调整处理。
[例2]A公司2006年12月取得B公司40%的股权，采用权益法核算；B公司2007年实现净利润3000万元；A公司按持股比例应享有被投资单位的净利润1200万元，在会计核算上作为贷记投资收益处理，增加当期利润总额；但是该项投资收益按税法规定不计入应税所得纳税，因此计算纳税时应调减应税所得额1200万元；如果B公司2007年亏损3000万元，企业在会计核算上已作借记投资收益处理，减少当期利润总额，因该项投资损失不能在税前扣除，故纳税调增增加额1200万元。
三、权益法下投资企业从被投资单位分得现金股利或利润的调整
按照权益法核算的长期股权投资，投资企业从被投资单位取得的现金股利或利润，在会计核算上应区别不同情况进行处理：投资企业从被投资单位分得的现金股利或利润未超过已确认投资收益的，在会计核算上作借记应收股利，贷记长期股权投资——损益调整处理，不计入当期损益；投资企业从被投资单位取得的现金股利或利润超过已确认投资收益部分，但未超过投资以后被投资单位实现的账面净利润中应享有的份额，应作为投资收益处理；自被投资单位取得的现金股利或利润超过已确认的投资收益，同时也超过了投资后被投资单位实现的账面净利润中按持股比例应享有的那部分，作为投资成本收回，冲减长期股权投资——损益调整、投资成本等。无论哪种情况，在计算企业所得税时，都应将在会计核算上不作投资收益处理的应收股利或利润作纳税调整增加额处理。
