此外，还要从微观角度去评估与审计目标相关的风险领域。如在政府绩效审计中，首先要了解政府机构的整体氛围。要了解政府官员尤其是领导的个人素质、胜任能力、价值取向、经营理念，如果在这方面发现某种倾向，审计人员应将其列为重大错报风险的信号，并对其经手的经济业务扩大测试范围。还要去评估政府机构是否建立了与政府绩效相关的内部控制制度，内控制度是否设置合理、有效，是否能够防止不经济、无效率、无效果现象的发生。如果存在缺陷，要将其涉及到的绩效问题作为审计的重点。在评估与绩效相关的内控制度时要从授权、业绩评价、信息处理、实物控制、职责分离等角度去把握。
运用风险导向审计理论，还要求审计人员改变传统的思维方式，要用“不一定”的思维方式去工作。如果政府部门强调完成了多少工作量指标，如制定了多少规章制度、出差多少人次、节省了多少开支等来作为其政绩的考核标准，就要反向去思考这些规章制度和出差的作用、节省开支带来的好处如何，是否存在效果不佳的现象，如果有，这充其量应该称为“结果”而非“效果”。如果这些“结果”没有达到应有的质量，这些规章制度和出差不仅不是政府绩效，而恰恰是应该取缔的资源浪费。
（三）帮助被审计单位完善制度建设
审计人员要针对所评估的重大错报风险领域和实质性审计结果查出的问题，帮助被审计单位提出预警措施，完善被审计单位（项目）现有机制、体制、制度建设，从而构筑免疫系统，这是体现政府审计免疫系统功能的关键环节，是从现象到本质，从量变到质变的升华。通过绩效审计，帮助被审计单位完善绩效考评制度；通过预算审计，提出细化部门预算、提高预算编制的准确性、建立健全资金管理制度等建议；通过工程项目审计，提出加强项目投资管理体系、招投标管理、妥善处理发展地方经济与控制项目投资矛盾等建议；为了防止决策失误。提出社会公示制度、社会听证制度、专家咨询制度等；为减少政府官员决策的随意性，提出建立问责制度和责任追踪制度等。
审计免疫系统论是我国关于审计本质理论的创新，风险导向审计技术是关于审计技术的创新，将理论和技术相结合并用于审计实践，不仅提高了审计效率，而且使审计充分关注国家经济运行中的宏观、微观风险，进而给政府提出预警措施，不断修复体制、机制、制度中的问题。使审计工作能够以全新的视角、更高的层次，发挥免疫系统的功能。
