（一）境外亏损的处理
《企业所得税法》第十七条规定，企业在汇总计算缴纳企业所得税时，其境外营业机构的亏损不得抵减境内营业机构的盈利。由于企业所得税法实际上实行的是法人所得税制模式，其纳税单位已不是原内资税法的独立核算单位，因此，理应对不具有独立法人地位的内外资分支机构统一计算盈亏、实行汇总纳税。但企业发生在境外同4“国家内的盈亏允许相互弥补。这也体现了我国在处理跨国所得税事务时所坚持的”来源地优先“的原则，即发生在一国的亏损，应该用发生在该国的盈利进行弥补。
（二）境外应税所得弥补境内亏损的处理
企业所得税年度纳税申报表及附表（国税发[2008]101号）在主表第22行”境外应税所得弥补境内亏损“的填表说明中规定：依据《境外应税所得计征所得税暂行管理办法》的规定，纳税人在计算缴纳企业所得税时，其境外营业机构的盈利可以弥补境内营业机构的亏损。即当”利润总额“，加”纳税调整增加额“、减”纳税调减额“为负数时，该行填报企业境外应纳税所得用于弥补境内亏损的部分，最大不得超过企业当年的全部境外应纳税所得。而原企业所得税法规定，企业境外业务之间的盈亏可以相互弥补，但企业境内外之间的盈亏不得相互弥补。
（三）核定征收企业弥补以前年度亏损的处理
国家税务总局《关于印发企业所得税核定征收办法（试行）的通知》（国税发[2008]30号）第十四条规定，纳税人实行核定应纳所得税额方式的，按下列规定申报纳税：（1）纳税人在应纳所得税额尚未确定之前，可暂按上年度应纳所得税额的1/12或1/4预缴，或者按经主管税务机关认可的其他方法，按月或按季度分期预缴。（2）在应纳所得税额确定以后，减除当年已预缴的所得税额，余额按剩余月份或季度均分，以此确定以后各月或各季度的应纳税额，由纳税人按月或按季度填写《企业所得税月（季）度预缴纳税申报表（B类）》，在规定的纳税申报期限内进行纳税申报。（3）纳税人年度终了后，在规定的时限内按照实际经营额或实际应纳税额向税务机关申报纳税。申报额超过核定经营额或应纳税额的，按申报额缴纳税款；申报额低于核定经营额或应纳税额的，按核定经营额或应纳税额缴纳税款。根据上述规定，实行核定征收方式缴纳企业所得税的，一般是不设账或难以准确进行财务核算的企业。因此由税务机关确定采取核定征收企业所得税的企业，在采取核定征收年度不能弥补以前年度亏损。
（四）特殊重组：原有亏损可弥补企业重组的税务处理分别适用一般性税务处理规定和特殊性税务处理规定。一般性重组是在企业并购交易发生时，就要确认资产、股权转让所得和损失，按照交易价格重新确定计税基础，并计算缴纳企业所得税的重组。特殊性重组是指符合一定条件的企业重组，在重组交易发生时，对股权支付部分，以企业资产、股权的原有成本为计税基础，暂时不确认资产、股权转让所得和损失，也就暂时不用纳税，将纳税义务递延到以后履行。企业符合财政部、国家税务总局《关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）规定的特殊重组的条件，可以享受特殊重组的税收优惠。根据财税[2009]59号第六条规定，企业重组符合规定条件的，交易各方对其交易中的股权支付部分，可以按以下规定进行特殊性税务处理：企业合并，企业股东在该企业合并发生时取得的股权支付金额不低于其交易支付总额的85％，以及同一控制下且不需要支付对价的企业合并，被合并企业合并前的相关所得税事项由合并企业承继。可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额=被合并企业净资产公允价值×截至合并业务发生当年年末国家发行的最长期限的国债利率。
（五）税务机关查补的所得额不能弥补亏损
根据国税发[2006]56号规定，查补的应纳税所得额，应并入所属年度的应纳税所得中，按税法规定计算应补税额，但不得弥补以前年度亏损。
（六）虚报亏损的税务处理
企业虚报亏损是指企业在年度企业所得税纳税申报表中申报的亏损数额大于按税收规定计算出的亏损数额。根据《国家税务总局关于企业虚报亏损适用税法问题的通知》国税函[2005]190号，对企业故意虚报亏损，在行为当年或相关年度造成不缴或少缴应纳税款的，适用《税收征收管理法》第六十三条规定，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。对企业依法亭受免征企业所得税优惠年度或处于亏损年度发生虚报亏损行为，在行为当年或相关年度未造成不缴或少缴应纳税款的，适用《税收征收管理法》第六十四条规定，纳税人、扣缴义务人编造虚假计税依据的，由税务机关责令限期改正，并处五万元以下的罚款。
（七）弥补亏损额的纳税填报列示
根据企业所得税年度纳税申报表及附表（国税发[20081101号），主表第23行”纳税调整后所得“：填报纳税人当期经过调整后的应纳税所得额。金额等于本表第13+14-15+22行。本行如为负数，就是纳税人当年可申报向以后年度结转的亏损额。主表第24行”弥补以前年度亏损“：填报纳税人按税收规定可在税前弥补的以前年度亏损额，金额等于附表四《企业所得税弥补亏损明细表》第6行第10列，但不得超过主表第23行”纳税调整后所得“。注意”纳税调整后所得“是确定准予税前弥补亏损额的基础。
