分公司成本费用中很大部分是制造费用，制造费用的管理效果好坏直接影响着整个分公司成本可控目标能否如期完成。分公司成本费用管理中可能出现的风险点有： 原料基地生产部门不能按计划提供原料储备；运输资源方案不落实；运输储存过程中发生单货不符、被盗、事故毁损、损耗过高等造成原料损失；运输事故造成环境污染，导致处罚和赔偿；运输流程不合理，造成运费增加；运输代理选择不当，造成货物无法正常交付使用；正本报关单核销联流失，造成无法核销，影响对外正常付汇；折旧增减变动；拼设备导致维修保养费用上升；生产成本的预算没有合理分解到各单位，导致资源成本难以控制；降本增效措施未严格执行，导致原料成本难以控制；过剩修理导致维修费用浪费；失修导致设备隐患；设备更新费用不落实，造成修理费增加；生产计划组织不当造成事故；车间管理人员工资奖金福利提高；延期到货导致停工待料；对国内外市场不了解、项目论证不充分导致勘探成本高且投资回报低；投资规模预测不准、固定资产质量出现问题导致事故、停滞；无形资产权属不清，发生经济纠纷；无形资产闲置或低效运行，失去原有价值等。
另外，我国很多大公司的勘探成本、勘探开发成本、生产成本都远远高于世界著名公司，而造成各分公司上游原料生产成本居高不下的原因有三个方面：（1）资源战略方面，国外公司可以通过资源优选和资产置换来实现资源的最优化选择；（2）从开发程度上，我国大公司上游普遍进入以“三高”为特征的开发阶段，生产成本高是客观规律；（3）企业面临的恶劣经营和社会环境以及由此产生的大量非生产支出。
四、分公司期间费用风险的识别
由于总公司是大企业，不但要讲究经济效益，还要承担社会责任、环境效益和可持续发展重任，并且要照顾到国际政治影响。因此，各分公司各方面开支标准高，科目繁多，金额比例较大。造成分公司期间费用开支大的风险点可能有：
负债高结构不合理，利息负担重；交际应酬费用居高不下；办公经费浪费严重；公车私用普遍；广告费用华而不实；普调工资和福利；违反上市公司有关关联交易的规定，客观上造成利润转移，构成对股东权益的损害，导致股东对高管人员的民事诉讼赔偿；差旅费用增加；坏账费用惊人；会务费有增无减；虚计修理费、未按法规合理摊提费用、没有正确划分资本性支出和收益性支出而影响会计资料的真实性；审计稽核纪检走马观花，未能及时发现财务问题而造成的损失；擅自变更合同文本涉及权利义务条款导致诉讼赔偿损失；资金分散筹集使用、筹付款时间、筹付款方式、筹付款金额不恰当造成资金效益损失；科技开发计划项目管理不当造成科技资源不能优化配置；科技费用失控；技术转让不当造成核心技术流失；科技费用支出缺乏依据；科研费用的费用化和资本化划分错误导致核算不真实；科技开发费用挪用或非科技费用列入科技开发费用；科技收支未完整记录；信息需求不明确、信息源不落实、信息分级不当、信息授权不当、信息集成不够、信息更新不及时、信息泄密等造成的损失；期间费用指标分配不当导致资源配置不合理；舞弊虚假导致虚设费用；擅自提价导致市场份额丢失；赊销导致应收账款不能及时收回；油气发出不符合规定；截流虚增收人、多计少计应收账款、入账错误；资金短缺不能满足生产经营需要；资金冗余或债务结构不合理造成资金成本过大；资金调度不科学，出现资金链条断裂；资产负债率过高导致偿债风险；资金挤占挪用管理不当导致资金流失等。
总之，分公司在成本管理中要根据价值工程理论、全面预算模式和重要性原则，适时相机选择低成本战略、差异战略和集中战略，运用计划成本、定额成本、预算成本、作业成本、目标成本和标准成本等多种方法，节约那些效率不高的成本，控制那些管理不善的费用，减少那些不必要的支出。当然对于那些微小的会计核算的差异、报告差错、特定经营战略战术决策差异、不可控因素造成的差异和偶然因素等从总量上进行一般性管理即可。
在对分公司成本费用进行分析时，必须避免：分析方法与角度选择不当；不能准确把握成本费用的内容分类；缺乏对成本费用增减变换动因分析；缺乏对企业经营管理活动的关注；忽视企业发展战略对成本费用的影响；成本费用分析缺乏与责任成本管理的结合；过高地估计成本费用预算指标的作用；忽视会计政策对成本费用计算的影响；忽视特殊业务对成本费用变化的影响。
