以上列举了预付账款在企业实际核算中可能发生错误的几种形式，为了使企业提供的财务信息更加真实、可靠，规范预付账款的使用，必须对企业的预付账款加强管理。具体措施如下：
一是建立健全预付账款的相关制度。（1）建立健全预付账款管理责任制度。财务部门工程管理人员负责预付账款中的设备管理工作，材料核算人员负责预付账款中的材料借款管理工作，供应部门负责预付账款的清查催收工作。通过加强对预付账款的管理，加速资金周转，提高资金使用效益。（2）建立预付账款的控制制度。发生预付款项时必须签订合同，合同经各有关部门会签后，上交一份财务部备查。同时为了节约货币资金的支出，供应部门应按照经部门主任、总会计师审批后的购货合同的规定，办理预付账款支付手续，严格控制各种预付款项的额度。未签订购货合同的业务不得发生预付账款，外委工程不准发生预付账款。（3）建立预付账款台账管理制度。财务部门应与客户协商，要求客户建立预付账款台账，详细反映各客户预付账款的增减变动、余额、发生时间、对方负责人、经办人、目前对方的经营状况、预付账款的清理情况、清收负责人和经办人等信息。对各种预付款项，应按照购货协议或合同的规定，按单位或个人名称、债务单位、个人或供应单位名称设置有关的明细账并详细记载。同时将购货合同、签证单和台账一同保管，形成完整的档案。（4）建立健全预付账款清理责任制度。按照供货合同或提供劳务合同的协议，指定专人做好结算和催收工作，制定工作计划，按期定额回收，防止可能的意外和损失发生。供应部门经办人要按购货合同规定的时间组织交货，验收入库，并在7日内报销。如超过报销期限，每天按预付金额的千分之三收取经办人资金占用费。财务部门对所发生的预付账款如有确凿证据表明其不符合预付账款的性质，或因供货单位破产、撤消等原因已无望再收回所购货物的，应将其转入其他应收款。（5）建立财务人员培训制度。财务人员要不断接受继续教育，熟练系统地掌握会计理论知识和预付账款的运用，不做错账。（6）建立单位负责人的责任制度。单位负责人应对本单位采购与预付款内部控制的建立健全和有效实施以及采购与预付款业务的真实性、合法性负责。（7）建立预付账款和定金的授权标准制度，加强预付账款和定金的管理。
二是财务负责人和内部审计部门应定期对“预付账款”进行实质性测试。重点审查预付账款支付的正确性、时效性和合法性，获取或编制预付账款明细表，复核加计正确，并与报表数、总账数和明细账合计数核对，同时请单位协助，在预付账款明细表上标出截止检查日已收到货物并冲销预付账款的项目，抽查复核其真实性和正确性。应选择以下方法对预付账款进行分析性复核：将期末预付账款余额与上期期末余额进行比较，分析其波动原因；了解预付账款惯例以及收回货物的平均天数，并分析预付账款的账龄，如有确凿证据表明其不符合预付账款性质，或者因供货单位破产、撤消等原因已无望再收到所购货物的，是否将原计入预付账款的金额转入其他应收款并按企业的会计政策计提相应的坏账准备；计算预付账款与主营业务成本的比率，并与以前各期比较，分析异常变动的原因；将预付账款余额的增减幅度与主营业务成本的增减幅度比较，分析异常变动的原因；对大额异常项目进行调查。应检查预付账款是否存在贷方余额，如果有，应查明原因，必要时作重分类调整。应检查预付账款长期挂账的原因，企业购进的材料及劳务，一般都应及时结算，若长期未结，则需要审查是否因对方单位违反供货合同而发生纠纷导致双方正在交涉或诉讼中，或因对方单位变更等原因未来索要，使被查单位未曾付款或未能付款；还是虚账、假账以预付款转到外单位返还的回扣款、销售收入或其他收入。注意结合应付账款明细账查核是否有重复付款或将同一笔已付清的账款在“应付账款”和“预付账款”中同时挂账的情况。应检查企业是否将正常的主营业务收入、其他业务收入、营业外收入记入“预付账款”,截留各种收入，推迟纳税或达到偷税的目的；审阅“预付账款”明细账，从摘要、对应账户的记录中发现线索，再进一步查阅记账凭证和原始凭证等相关资料。应检查企业是否利用预付账款业务往来为他人进行非法结算以获取回扣或以此来转移资金、私设小金库；审查预付账款业务合同是否真实合法，有无以虚假或不合理合同串通舞弊，虚列预付账款；是否利用预付账款列支非法支出，查证预付账款明细账的账龄长短及相关的凭证，如账龄过长，则有利用“预付账款”转移资金或进行其他舞弊行为的可能。对长期未收到货物的预付账款，可向供货单位进行查询。应注意审查预付货款是否属于正常经济业务范围；检查购人的物资、材料等是否属于该单位正常需要；采购物资、材料是否已验收入库；有无为外单位套取物资、材料的行为（代他人采购往往隐藏非法倒卖、转移收入、贪污贿赂等违法违纪行为）；关注是否存在关联方预付账款，若有，应通过了解关联交易事项的目的、价格和条件或检查采购合同确认该预付账款的合法性和合理性，通过向关联方函证确认交易的真实性。
