一、甲公司（母公司）纳税分析
1.营业税及附加。《财政部、国家税务总局关于股权转让有关营业税问题的通知》（财税[2002]191号）规定：“以无形资产、不动产投资入股，参与接受投资方利润分配，共同承担投资风险的行为，不征收营业税。”因此，甲公司的该项投资行为，不征收营业税，也不需要缴纳城建税和教育费附加。
2.印花税。应缴纳印花税为：500×0.5‰=0.25（万元）。 '
3.土地增值税。《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字[1995]48号）规定：“对于以房地产进行投资、联营的，投资、联营的一方以土地（房地产）作价入股进行投资或作为联营条件，将房地产转让到所投资、联营的企业中时，暂免征收土地增值税。”同时，《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税[2006]21号）对这一条款作了补充规定：对于以土地（房地产）作价入股进行投资或联营的，凡所投资、联营的企业从事房地产开发的，或者房地产开发企业以其建造的商品房进行投资和联营的，均不适用（财税[1995]48号）第一条暂免征收土地增值税的规定。由于甲公司不是房地产企业，因此该项投资免征土地增值税。
4.企业所得税。《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》（国税发[2000]118号）规定，“企业以经营活动的部分非货币性资产对外投资，应在投资交易发生时，将其分解为按公允价值销售有关非货币性资产和投资两项业务进行所得税处理，并按规定确认资产的转让所得或损失。”因此，应缴纳企业所得税为：（500-420-0.25）×25％=19.9375（万元）。
二、乙公司（子公司）纳税分析
1.契税。《契税暂行条例细则》第八条规定：以土地、房屋权属作价投资、入股的，视同土地使用权转让、房屋买卖或者房屋赠与征税，由产权受让方按投资房地产价值缴纳契税。应缴纳契税为：500×3％=15（万元）。
2.印花税，应缴纳印花税为：500×0.5‰=0.25（万元）。
3.企业所得税。对子公司而言，由于未发生收益，不需要缴纳企业所得税。
由上可知，方案二中母子公司合计应缴纳税（费）为：0.25+19.9375+15+0.25=35.4375（万元）。
比较以上两种方案，从双方的纳税情况来看，显然方案二可以节约税收成本，可少缴税（费）：298.5063-35.4375=263.0688（万元）。可见，母子公司之间转移不动产，不宜采用无偿划拨的方式，以投资的方式处理相对较好。
