（一）确认资产、负债的转让损益
企业合并，被合并企业向合并企业（在20号准则中，非同一控制下的合并企业称为购买方）转让全部资产、负债，现行税制下税收政策是：（1）流转税。按照国家税务总局国税函[2002]165号、国税函[2002]420号文件的规定，转让企业产权（整体转让企业资产、债权、债务及劳动力）涉及房地产、无形资产和应税货物转让的，不征收营业税、增值税，因此转让的资产在会计上不作销售处理，不开具销售发票和计算流转税；（2）企业所得税。按照财政部、国家税务总局财税[2009]59号、财税[2009]60号文件的规定，一般的被吸收合并企业应按清算进行所得税处理，但符合59号文件规定条件的，可以采用特殊性税务处理。
被合并企业按清算进行所得税处理的。应按以下公式计算转让资产转让所得或损失： 被合并企业应确认的资产转让所得或损失=被转让资产的公允价值一被转让资产的计税基础，或=（合并企业向被合并企业或其股东支付的包括股权支付在内的购头净资产价款+合并企业接收的负债）一被转让资产的计税基础
上述公式计算出的资产转让所得或损失。并不直接作账务处理。而是在被合并企业计算清算所得时调整应纳税所得额。
企业合并采用特殊性税务处理的，除应同时符合财税[2009]59号文件规定的五项条件外，被合并企业股东在合并中取得的股权支付额不得低于其交易支付总额的85％，或者是同一控制下不需要支付对价的企业合并。符合上述条件并选择适用特殊性税务处理的，其转让的资产价值分两部分：一部分是对应于股权支付的资产价值，不确认资产转让所得或损失，直接以资产、负债在被合并企业时的计税基础作合并企业接收的资产、负债的计税基础，被合并企业合并前的相关所得税事项，由合并企业承继；另一部分是对应非股权支付的资产价值，按非股权支付金额占被转让资产公允价值的比例确认转让所得或损失，计算公式为：
非股权支付对应的资产转让所得或损失=似啭让资产的公允价值一被转让资产的计税基础）×（非股权支付金额÷被转让资产的公允价值）
计算清算所得税时。应按非股权支付对应的资产转让所得或损失作纳税调整，并将调整后的资产计税依据，以资产负债移交表附注的形式告知合并企业，或者在资产移交清册中单列栏目反映。
合并企业支付的作为合并对价的资产，应由被合并企业接收，以用于支付清算费用、安置职工、缴纳税款和股东分配，收到时，借记“银行存款”等科目，贷记“资本公积——其他资本公积”科目。
（二）支付清算费用和职工安置费用
支付清算费用，借记“管理费用”科目。贷记“银行存款”等科目：计算职工补偿金及补提尚未计入损益的欠付职工工资和社会保险费用，借记“管理费用”科目。贷记“应付职工薪酬”科目；支付这些费用时，借记“应付职工薪酬”科目，贷记“银行存款”等科目。
（三）按税法规定计算清算所得
计算和缴纳清算所得税，结转损益科目和“本年利润”科目，编制清算终结的资产负债表、清算损益表（利润表）。
采用特殊性税务处理的被合并企业，因基本上未确认资产转让损益，因此清算所得相关事项应转交合并企业承继，不作计提和缴纳清算所得税的账务处理。
