一是货币资金的合并。基建货币资金通过“银行存款”和“现金”反映，其性质与事业资产类科目“银行存款”和“现金”一样，因此可以直接将两者进行合并，借记“银行存款”和“现金”(学院)，贷记“银行存款”和“现金”(基建)。二是在建工程的合并。基建财务的在建工程在合并报表新增设的“在建工程”项目中反映，借记“在建工程”，贷记“建筑安装工程投资”、“设备投资”、“待摊投资”、“预付工程款”。三是基建借款的合并。基建借款在合并报表的“基建借款”项目栏反映，借记“基建投资借款”，贷记“基建借款”。四是基建拨款的合并。基建以前年度拨款结余与交付使用资产抵销后，其余额反映尚未冲转的基建拨款。这部分结余属于事业净资产因此合并时在“基业基金”栏中“基建结存”明细项目栏反映，借记“基建结存”，贷记“以前拨款结存”。
(三)编制对外合并资产负债表
根据编制的上述抵销分录和合并工作底稿，填列对外合并资产负债表，全面地反映高校资产、负债、净资产及事业收支情况。
(四)编制报表附注
一是对本年自筹资金进行披露。事业对基建本年自筹拨款通过分录已经抵销，在合并报表中不能直观地反映本年自筹拨款信息，因此在报表附注中必须披露事业本年对基建自筹拨款的数据。二是对本年交付使用工程进行披露。本年已完工、并竣工验收工程的名称、金额、使用情况，特别是利用贷款完成的工程项目的情况，要在报表附注中进行披露。三是对在建工程中已竣工但未交付项目进行披露。该部分资产仍然挂在基建账的在建工程中，附注中必须对这部分资产进行特别披露。四是对基建借款进行披露。目前高校基建筹资渠道主要依靠借款的方式取得，因此应在附注中披露本年新增借款额和本年支付借款利息的情况。五是对本年新开工工程进行披露。应在附注中披露新建项目的名称、概算等信息。
随着高校的发展，高校会计制度也应与时俱进。笔者建议尽快修订《高等学校会计制度》，使其更能适应当前的形势，更有利于高校财务的良性运转。
