二、《目录》调整对产业项目税收优惠的影响
近年来，我国宏观调控的重点之一是遏制高耗能产品的过快增长，严格控制投资规模，抑制“两高一资”产品大量出口，此次对旧《目录》的调整也是针对于此。外企投资“两高一资”类项目从旧《目录》中的鼓励类变为限止类或禁止类，不再拥有享受税收政策优惠的特权，对我国吸收外资将产生一定的影响。
一是取消了“两高一资”商品的出口退税率。2007年7月财政部、国家税务总局下发了《关于调低部分商品出口退税率的通知》（财税[2007]90号），对“两高一资”出口商品重点进行了调整，其商品出口不再享受出口退税政策，并按内销视同征税。同时，取消出口退税率的商品还列入《加工贸易进出口商品禁止目录》，进口一律征收进口关税和进口环节税。可以看出，出口退税率受到调整的商品也是新《目录》不鼓励外商投资进入的，我国目前鼓励外商投资的领域是先进技术、农业、服务业等急需提高的领域。
二是购买国产设备不再享受退还增值税的税收政策优惠。根据国家税务总局、国家发展和改革委员会《关于印发〈外商投资项目采购国产设备退税管理试行办法〉的通知》（国税发[2006]111号）规定，属于《外商投资产业指导目录》中鼓励类和《中西部地区外商投资优势产业目录》的外商投资项目所采购的国产设备享受增值税退税政策。调整鼓励外资目录时，项目采购国产设备实行退税政策以项目核准时施行的鼓励外资目录为准。对于在旧《目录》中被新《目录》调出的部分项目，如果在2007年12月1日以后，购买国产设备用于生产的，均不在新《目录》的鼓励类之中，也就不能再享受退还增值税的税收政策优惠。
三是购买国产设备不再享受抵免企业所得税的税收政策优惠。根据政策规定，在我国境内设立的外商投资企业，在投资总额内购买的国产设备，只有符合《国务院关于调整进口设备税收政策的通知》中规定的《外商投资产业指导目录》鼓励类、限制乙类的投资项目，其购买国产设备投资的40％可以从购置设备当年比前一年新增的企业所得税中抵免。同时，还规定对于上述企业为了提高经济效益、提高产品质量、增加花色品种、促进产品升级换代、扩大出口、降低成本、节约能耗、加强资源综合利用，以及为三废治理、劳保安全等目的，采用先进的、适用的新技术、新工艺、新设备、新材料等对现有设施、生产工艺条件改造而在投资总额以外购买的国产设备，其购买国产设备投资的40％也可以从购置当年比前一年新增的企业所得税中抵免。可见，从新《目录》中被调整出的部分项目，在2007年12月1日以后购入的国产设备也是不能享受此项优惠税收政策的。虽然，在2008年两税合并以后，还未明确外商投资企业是否继续享受这项优惠政策，但应当引起调整产业项目企业的重视。
至于新目录颁布后，新旧《目录》之间享受进口税收优惠政策的衔接问题，一般是遵照老项目适用旧目录，新项目适用新目录的原则。也就是说，已经批准的可以享受优惠政策的项目，即使按照新目录不再属于可以享受进口税收优惠政策的项目，也可以继续享受相关优惠政策。此次目录调整，继续遵循了这一原则。海关总署在2007年11月26日发布的公告中明确，2007年12月1日后批准的外资项目，按照新《目录》确定是否属于鼓励类项目，凡不属于新《目录》鼓励类的项目，海关一律不予受理项目单位的减免税备案申请。2002年4月1日至2007年11月30日批准的外商投资鼓励类项目，项目单位须在2008年12月31日前按照规定持项目确认书等有关资料向海关申请办理减免税备案手续。至于2002年4月1日前批准的可以享受进口税收优惠政策的外资项目，海关总署在《关于针对海关在执行相关进口税收优惠政策适用问题的公告》（2007年第35号）中规定，项目单位必须在2007年12月31日前持项目确认书或其他相关资料向海关申请办理减免税备案手续，并于2010年12月31日前向海关申请办理项目项下进口自用设备的减免税审批手续。
