税收政策的优惠给投资企业带来的税收筹划也各不相同，特别是在出口退税率下调之后，征、退税率之差变大，企业更应权衡利弊。
1、同等条件下，物流中心内企业利润高于中心外企业。如，物流中心内一家生产玻璃制品的出口企业，在2007年7月1日出口退税率调整前，退税率为13％，调整后为5％，征税率为17％，征、退税率之差为12％。假设在9月份出口销售收入11000万元，原材料从物流中心外企业购进，其成本300万元。
（1）若在物流中心外生产出口，其征退税率之差结转成本为l1000×（17％一5％）=120万元，利润为11000-（300+120）=580（万元）。
（2）若在物流中心内生产并出口，其成本为300×[1+（17％-5％）]=336万元，利润为l1000-336=664（万元）。因为，物流中心内企业在购进中心外企业货物时，其中心外企业已按5％退税，故中心内企业负担成本12％（17％-5％）。
从上例可以看出，中心内企业利润比中心外企业的利润高，且征、退税税率之差越大，差额越高。
2、投资企业进入物流中心，有利于降低生产成本。投资企业进入物流中心后，企业从国内采购原材料，减少了出口退税环节，加快了企业的资金周转，降低了采购成本，可以利用更多的资金去从事技术创新和扩大生产，提高商品的竞争力。
3、新《企业所得税法》为内资企业进入物流中心提供了有利条件。新颁布的《企业所得税法》规定内外资企业统一适用25％的企业所得税率，这标志着内资企业与外资企业具有平等的进入物流中心的机会；同时，若内资企业是高新技术企业，同样可以享受与外资高新技术企业同等的其他优惠政策，这为内资企业提供了进入物流中心的良好契机。
4、促进了国内进料深加工结转业务的开展。目前，我国对国内进料深加工结转业务在税收方面没有明确的规定，对此类业务全国大部分地区暂时执行免税政策，对其所耗用的国内原辅材料的进项税不予抵扣，这样就使一些耗用国内原辅材料较多的企业的成本加大。而根据规定，物流中心外企业销售给物流中心内企业的原材料等可以申报办理退税。因而，如果下游企业设在物流中心内，上游企业就可以按照规定实行出口退税，而下游企业也可以享受物流中心内的相关政策，将会有效地避免“境外一日游”现象的发生。
四、物流中心外企业办理退税注意的事项
1、物流中心外企业将货物销售给物流中心内企业的，或物流中心外企业将货物销售给境外企业后，境外企业将货物运入物流中心内企业仓储的，物流中心外企业凭出口发票、出口货物报关单（出口退税专用）、增值税专用发票（外贸企业提供）、出口收汇核销单（出口退税专用）等凭证，按照现行有关规定申报办理退（免）税。
2、对物流中心外企业销售给物流中心内企业并运入物流中心供物流中心内企业使用的实行退（免）税的货物，物流中心外企业应按海关规定填制出口货物报关单，出口货物报关单“运输方式”栏为“物流中心”。
3、对物流中心外企业销售并运入物流中心的货物，一律开具出口销售发票，不得开具增值税专用发票或普通发票。
