物流企业主要从事代理服务和运输、仓储等业务，因为同时涉及交通运输业和服务业，且两种行业的税率又有所不同，这就为其进行纳税筹划提供了空间。
一、转变经营方式巧筹划
增值税一般纳税人在销售货物时一般是根据进销差价按照13%或者17%的税率缴税；而营业税应税劳务中的“服务业—代理”税目的税率仅为5%。如果物流企业能够使自己从物资供应商的角色转变为销售代理商就可以实现节约税收的目的。
案例一：吉祥厂是一家生产水泥的厂家，其产品的市场销售价格为520元/吨（不含增值税），如意公司为一家物流公司，由于该公司每年可以为吉祥厂销售30万吨产品，所以享受500元/吨的优惠价格。现在有一家广厦房产企业需要购买5 000吨吉祥厂的水泥。
《增值税暂行条例》规定，物流企业从上游企业采购货物再销售给下游企业属于转销，应就转销中的差价征收增值税，税率为17%或者13%。财政部、国家税务总局《关于增值税营业税若干规定的通知》（财税[1994]26号）规定，代理销售行为不征收增值税，只征收营业税，但是代理行为须满足下列条件：（一）受托方不垫付资金；（二）销货方将发票开具给委托方，并由受托方将该项发票转交给委托方；（三）受托方按销售方实际收取的销售额和增值税额（如系代理进口货物则为海关代征的增值税额）与委托方结算货款，并另外收取手续费。因此如果物流企业能够实现将转卖过程中的差价由交增值税变为交营业税则可以实现较大的税收利益。
方案一：广厦集团直接从市场购买，则需资金5 000×520=260（万元），吉祥厂需交纳增值税为260×17%=44.2（万元），该增值税实际上由广厦集团承担，所以广厦集团应支付304.2万元。
方案二：通过如意物流公司转购。如意公司以500元/吨从吉祥厂进货，以510元/吨的价格卖给广厦集团。广厦集团应支付购买价格为510×5 000=255（万元），支付增值税为255×17%=43.35（万元），共计298.35万元。如意物流公司从中赚取差价为10×5 000=5（万元），需交纳增值税为5×17%=0.85（万元），如意物流的纯利润为5－0.85=4.15（万元）（忽略城建税及教育费附加）。
方案三：如意物流进行代理销售业务。广厦集团按照510元/吨的价格直接到吉祥厂购买，如意物流收取吉祥厂5万元代理费，则广厦集团仍然只需支付298.35万元，而如意物流所得的5万元可以作为代理收入，只需按照5%缴纳营业税0.25万元，如意物流的纯利润为5－0.25=4.75（万元）（忽略城建税及教育费附加）。
对比以上三种方案，对于如意物流而言，第三种方案的收益大于第二种方案。对于广厦集团而言，第二种方案和第三种方案成本相同，均小于第一种方案。因此综合来看，第三种方案对于双方都是有利的。
二、转变合同形式妙节税
由于季节性工作量的差异，物流企业往往将部分闲置的机器设备出租。按照税法规定，财产租赁应按“服务业—租赁”5%的税率缴纳营业税，如能按照装卸作业则只需按照“交通运输业”缴纳3%的营业税。
案例二：好运物流公司决定将两台大型装卸设备以每月10万元的价格出租给客户甲，租期为半年。好运物流应当收取租金：10×6=60（万元）。客户甲除需支付60万元的租赁费，还需安排2名操作人员，两人半年的工资为6万元。
方案一：按照租赁合同执行，则好运物流应缴纳的营业税为60×5%=3（万元），应纳城市维护建设税及教育费附加为3×（7%+3%）=0.3（万元）。合计应纳税为3.3万元。该公司纯收入为60-3.3=56.7（万元）。
